ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ATAC-seq和ChIP-seq ATAC-seq: 转座酶可及性染色测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是一种用于研究表观遗传调控的技术,于 2013 年在人类免疫细胞中建立。 其原理是利用转座酶 Tn5 容易结合在开放染色质的特性,对 Tn5 酶捕获到的 DNA 序列进行测序。与其他研究相似染...
ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。3. Work...
表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展,大量的表观基因组分析技术已经出现,如CHIP-seq、DNase I超...
摘要 染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使...
染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展,大...
ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。 (3)比对后处理和质量控制: 比对后处理就是去除重复序列和细胞器序列。
文中CUT&Tag、ATAC-seq和ChIP-seq实验由上海嘉因生物协助完成。END1嘉因生物-CUT&Tag介绍CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言...
ATAC-seq与ChIP-seq | ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。DNA...
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证,有力地支持了如下理论:AP2XII-1和AP2XI-2蛋白能够形成同源或异源二聚体,并通过与裂殖子基因启动子区域结合,进而招募MORC和HDAC3蛋白,最终实现对速殖子中裂殖子特异性基因的沉默。具体而言,MORC能够进一步组装成二聚体结构,在拓扑结构...