研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络,该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系;从中鉴定了446个核心转录因子,并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关;通过对比小麦
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
RNA-seq、亚细胞定位、Y1H、双荧光素酶报告基因实验、ChIP-qPCR、EMSA这篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq组学联合绘制1-甲基环丙烯（1-MCP）不同处理下的染色质可及性图谱，挖掘在1-MCP处理下影响果实成熟的关键转录因子以及靶标基因，
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
ATAC-seq之后需要做ChIP-seq来做进一步的验证。比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq...
翻译效率TE(FPKMribo-seq/FPKMRNA-seq)是RNA利用效率的关键指标。作者接着分析了植物如何通过改变TE响应低温胁迫。LT样本的TE中值低于CK样本,表明低温胁迫也会抑制茶树的TE。2287个基因TE增加,2686个基因TE减少。CK和LT样本的TE与转录水平相关性分别是-0.38和-0.37。结果表明基因表达水平增加,TE持续下降。说明TE的改...
今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学数学与统计学院Yingxin Lin等人在《bioRxiv预印本》上发表了一篇名为“scJoint: transfer learning for data integration of single-cell RNA-seq and ATAC-seq”的文章。文中提出了一种整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的异构集合的转移学习方法(scJoint)。scJoint使用一个神经网...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用,例如ChIP-seq,或者三个以上的技术一起组合使用。
表观研究涉及的范围非常广泛,包括DNA甲基化,组蛋白修饰,RNA的可变剪切,miRNA调控,转录调控,染色质可及性分析等。表观研究受限于研究技术手段的不成熟,一直被认为是基础生命科学研究的一个难点。数十年来,各国的科学家们一直致力于在表观研...