首先,咱们得搞清楚啥是ATAC测序。简单来说,就是通过测量染色质的可及性来研究基因表达调控的一种方法。大家都知道,DNA并不是裸露的,而是和组蛋白结合在一起,形成一种叫做染色质的高级结构。这个染色质在转录和复制的时候会变得松散,打开的部分就叫做开放染色质。开放染色质就像是一个小窗户,允许其他调控因子进来,...
Cell Ranger ATAC通过主成分分析(PCA)、潜在语义分析(LSA)或概率潜在语义分析(PLSA)支持降维。所采用的默认方法是LSA,但是用户可以通过向Cell Ranger ATAC提供降维参数(—dim-reduce=< method >)来指定使用哪个方法。这些方法中的每一种都作用于经过过滤的峰条形码矩阵,该矩阵由称为峰的cell条形码的切割位点计数组成。
10x单细胞ATAC测序(Singel Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq),该技术可进行单细胞染色质易开放区域测序,展示表观遗传学⽅⾯的变化,并深入了解基因调控机制。 染色质可及性(chromatin accessibility):DNA与组蛋白结合形成核小体,核小体进一步折叠压缩后形成染...
Abstract 严格比较同一单细胞中的基因表达和染色质可及性,可以阐明这些机制的耦合或解耦如何调节fate commitment的逻辑(看来这里分析的是单细胞多组学的RNA & ATAC)。在这里,开发了 MIRA:用于综合调节分析的概率多模态模型,这是一种综合方法,可以系统地对比转录和可及性,以推断沿着发育轨迹驱动细胞的调节网络。MIRA ...
单细胞ATAC测序是一种利用Tn5转座酶探究染色质可接近性的测序技术。经过改造的Tn5转座酶与细胞核孵育,Tn5转座酶可以靶向染色质开放区进行切割,并一步插入测序接头,大大缩短建库时间。单细胞ATAC测序结果可以展示表观遗传学方面的变化,在单细胞水平揭示染色质的可及性,推算转录因子的结合位点和核小体的区域位置。探究造...
10X scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequecing,单细胞染色质可及性区域的测序)是在单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊...
10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
10X单细胞ATAC测序服务是一种通过高通量测序手段揭示单个细胞中染色质可接近性的技术，用于深入理解细胞状态及其调控网络。以下是关于10X单细胞ATAC测序服务的详细解答：技术重要性：揭示细胞状态：10X scATACseq技术能够构建细致的染色质结构图谱，帮助我们深入理解单个细胞的状态。疾病诊断与治疗：该技术为疾病...
ATAC-Seq(染色质开放性测序技术,Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过转座酶研究染色质开放性的高通量测序技术。在DNA复制和转录时,DNA紧密结构打开,调控因子才能结合在染色质上发挥功能。单细胞转录组数据能够基于差异基因进行细胞分群,但这些基因是如何被调控的,仍...
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...