hello,大家好,今天我们来分享多组学数据推断RNA Velocyto,大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的,其实,对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息,多组学推断更加准确一点,参考的文献在Single-cell multi-omic velocity infers dynamic and decoupled gene regulation,非常棒的文章,我们先来分享文章,最后看看示例代码。
FLS 用与 RA 相关的三种主要细胞因子——TNFα、IFNγ 和 IL-1β,单独或联合刺激——并使用 RNA-seq 评估产生的基因表达变化。此外,为了直接比较每个患者的细胞因子刺激效果,从相同的 RA 滑膜组织样本中分离出 FLS,用 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 或 TNFα 和 IFNγ 刺激它们并进行 scATAC/RNA -seq。分析发...
10x Multiome使用加权最近邻方法(WNN),对RNA数据以及ATAC数据进行联合降维聚类,分析ATAC和RNA细胞对应关系,对不同cluster的基因进行差异富集分析。 (2)多组学细胞类型之间的相关性分析 对于scRNA-seq数据,得到每种细胞类型关于每一个基因的平均表达量;对于scATAC-seq,得到平均基因活性;之后做归一化,并得到基因的z-scor...
2、捕获率高:单细胞捕获效率高达 65%,多细胞比例 <0.9%(1,000 个细胞中)。 3、延展性强:除了获得单细胞 mRNA 的信息,还提供了单细胞 TCR/BCR、单细胞表面蛋白、单细胞 ATAC 等多种解决方案。 文库结构 图10X Genomics 3’gene expression 文库示意图 伯豪生物提供:单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服...
核小体、蛋白质和RNA态,转录活性高的物质构成了染色质,在细胞核中染色质中有两种状态:一种是常染色质,压缩程度低,处于松散的状于核的中间;一种是异染色质,压缩程度高,高度压缩,转录活性很低,位于核周边(图 1 )。 以前我认为ATAC-seq技术就是来研究常染色质的,但我是错的。常染色质占整个基因90%(点击查看...
科研和临床其实有很多共同的地方,大家都知道多组学是方向,目前单细胞转录组、ATAC、VDJ、空间转录组、空转VDJ、宏基因组、外显子等几个方向的联系越来越密切,其中单细胞通常在表征肿瘤微环境中有优势,空转在识别空转区域和免疫浸润方面有长处,外显子在确定不同肿瘤区域异质性的突变信息在其准确性,其中还有空间微生物...
10x ATAC主要针对哪些类型样本?回答目前仅接受人和小鼠的细胞和部分组织样本。样本类型主要有:冻存细胞、冻存组织、新鲜组织、新鲜细胞样本。02. 提问对于10x ATAC的样本送样有什么要求?回答细胞类型要求:能够制备成高质量的单细胞核悬液;起始单细胞悬液:建议同10X单细胞RNA要求,细胞活性>85%,细胞浓度为700-1200...
以比较代表性的10X RNA-seq、VDJ-seq、ATAC-seq和ST-seq(空间转录组)来说。VDJ-seq受限于试剂只针对人和小鼠开发,因此其他物种目前无法开展商业化的服务。ATAC-seq作为检测基因组开放性的技术,其检测的区域大部分为非编码区,因此参考基因组不但必须要有,而且参考基因组的质量对ATAC-seq的影响非常大。
联合分析RNA+ATAC What is Cell Ranger ARC?- 官网 最新单细胞多组学新产品:ATAC + 基因表达- 【基本原理】 单细胞多组学ATAC- Cell Ranger ARC--count 单细胞多组学ATAC-Cellranger ARC-结果解读之网页报告【有一个系列】 多样本合并: gene很好合并,但是peak不行,必须合在一起call peak才行,所以必须在上游...
8.单细胞ATAC检测 9.单细胞ATAC+mRNA检测 10.单细胞基因表达Flex(固定RNA分析,可混样) 10x Genomics单细胞技术兼容的样本类型 目前,10x单细胞技术可以兼容的样本类型有: 1.新鲜样本 2.冰冻样本 3.甲醛固定样本 4.FFPE样本 10x Genomics单细胞平台不同型号满足不同用户需求 ...