单细胞多组学测序的最新进展,如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq),现在使我们能够在单细胞分辨率下探索肿瘤间和肿瘤内的异质性、细胞发育、细胞图谱、神经科学的奥秘,为深入了解疾病机制和开发诊疗策略提供了新的视角。本月最新发表了许多利用细胞RNA+ATAC测序技术的研究成果,小编这里...
该研究采用单细胞RNA测序和ATAC测序技术,对42个和39个人类癌症细胞系进行了细致分析,揭示了显著的转录组和表观遗传异质性。通过单细胞RNA测序,在单细胞层面揭示了不同细胞系中的转录活动差异,发现这些差异主要由多个共同的转录程序驱动。ATAC测序进一步揭示了细胞内基因可访问性和表观遗传调控机制。此外,研究还探讨了拷...
单细胞 ATAC+RNA 测序 伯豪生物单细胞多组学 ATAC+RNA 联合检测服务,是基于 10X Genomics 平台,对数千个细胞中的每一细胞内的 RNA 和染色质可及性同时检测的新技术。通过这项技术能够测定调控区域对基因表达的影响,从而在目标细胞内实现信息的关联;根据两种分子信息可以更深入地表征复杂的细胞群,捕获细胞异质性,发现...
rna <- Read10X("../vignette_data/snare-seq/GSE126074_AdBrainCortex_rna/", gene.column = 1) atac <- Read10X("../vignette_data/snare-seq/GSE126074_AdBrainCortex_atac/", gene.column = 1) fragments <- "../vignette_data/snare-seq/fragments.sort.bed.gz" # create a Seurat object and...
单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序是两种常用的方法,它们分别可以揭示细胞的基因表达和染色质可及性。然而,这两种技术各自存在一些限制。为了克服这些限制并获得更全面的细胞信息,研究人员开发了一种新的技术,称为单细胞RNA-ATAC测序技术。 单细胞RNA-ATAC测序技术结合了单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的优势,可以同时获得...
“Single-nucleus multi-omic profiling of human placental syncytiotrophoblasts identifies cellular trajectories during pregnancy”的研究成果,该研究利用单细胞核 RNA 和 ATAC 测序技术(snRNA-seq和snATAC-seq)、人类滋养层干细胞(human trophoblast stem cells, hTSCs)和基于 hTSCs 构建的滋养层类器官等体系系统...
11月高分文献速递 | 单细胞RNA+ATAC系列 单细胞多组学测序的最新进展,如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq),现在使我们能够在单细胞分辨率下探索肿瘤间和肿瘤内的异质性、细胞发育、细胞图谱、神经科学的奥秘,为深入了解疾病机制和开发诊疗策略提供了新的视角。本月最新发表了许多...
单细胞RNA测序和ATAC测序是目前单细胞比较成熟的两种技术,可以分别研究细胞转录组状态和染色质可及性。2019年10月《Nature Biotechnology》刊登的一篇在单细胞中同时进行RNA和ATAC测序的文章,将两种技术在同一细胞中进行了联合。具体的研究思路和结果是怎么样的呢?下面我们就来解读一下这篇高分文章。
为解决细胞类型注释准确性问题,伦敦帝国理工学院的研究人员开展结合单细胞 ATAC 和 RNA 测序进行监督式细胞注释的研究,发现结合两种测序数据可提升 PBMC 数据注释质量,对神经元细胞无此效果,为单细胞研究提供重要参考。 在生命科学的微观世界里,细胞就像一个个神秘的 “小宇宙”,各自有着独特的 “身份” 和功能。单...
RNA聚类分析中,发现小麦再生过程中存在着时序基因表达,并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关;H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关;基于转录与染色质开放性的高度相关,研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络,该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系;从...