10x单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标签;GEMs破...
我们发现,这些条形码的切割位点通常随机分布在基因组中,不以功能区域附近的富集为目标,也不表现出预期的ATAC-seq“峰值”信号。因此,我们屏蔽了这些“低目标”条形码,使其不出现在Peak Calling之前库中观察到的所有条形码。 10x Chromium 系统的凝胶珠多联率较低(主要是双联),其中一个细胞共享一个以上的条形码凝胶珠...
10X单细胞ATAC-seq ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)是2013年由美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,来研究染色体的可进入性。ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切...
在ATAC-seq实验中,细胞核被孵育在含有转座酶的反应液中,转座酶会识别并结合到染色质上的开放区域,然后插入DNA测序适配器。接着,DNA片段被PCR扩增,并进行高通量测序。通过测序数据的分析,可以确定染色质的可及性和开放区域的位置。 2. 实验流程: a. 细胞溶解,首先,需要从目标细胞中提取细胞核,并将其溶解。 b....
10X scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequecing,单细胞染色质可及性区域的测序)是在单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊...
图1 scATAC-seq捕获流程 产品特点 高通量: 10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用微流控和凝胶珠技术,可一次性获得成千上万细胞核中的表观遗传信息。一步建库省去后期酶切、加尾、连接的时间,通量高、周期短。 精确: 10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用barcode精确标记每个细胞核和核内DNA,在单细胞水平揭示细胞...
10x Genomics单细胞ATAC-seq实测数据概览 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐。 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可...
10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
10x单细胞ATAC测序(Singel Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq),该技术可进行单细胞染色质易开放区域测序,展示表观遗传学⽅⾯的变化,并深入了解基因调控机制。 染色质可及性(chromatin accessibility):DNA与组蛋白结合形成核小体,核小体进一步折叠压缩后形成...
ATAC-Seq(染色质开放性测序技术,Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过转座酶研究染色质开放性的高通量测序技术。在DNA复制和转录时,DNA紧密结构打开,调控因子才能结合在染色质上发挥功能。单细胞转录组数据能够基于差异基因进行细胞分群,但这些基因是如何被调控的,仍...