18年年末,10X Genomics正式推出了单细胞ATAC-seq产品及实施方案,这是目前第一个成熟的单细胞表观基因组特征的商业化解决方案,为探索细胞发育的机理机制、深入了解疾病的诊断和治疗提供便利。 01 ATAC-seq技术 ATAC-seq(染色质开放性测序技术, Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通过转座酶...
10X scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequecing,单细胞染色质可及性区域的测序)是在单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊...
10x单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标签;GEMs破...
目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐。 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞...
10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...
表明,β细胞和δ细胞的调控机制以及α细胞和γ细胞密切相关,这与scRNA-seq数据一致。 2. 胰岛内分泌细胞调控机制的异质性 进一步确定亚群之间具有可变的可及性基因启动子,INS在β细胞亚群之间有最可变的启动子可及性,α细胞亚群之间为GCG,δ细胞亚群之间为SST。并通过基因富集分析(GSEA),发现区分荷尔蒙高和荷尔蒙低...
研究人员通过单细胞ATAC-Seq的研究策略,分析了10类已定义的人类造血系统分化细胞类型中染色质可接近性的数据,构建造血细胞分化中染色质可接近性状态的变化轨迹;并整合单细胞转录组数据,构建了转录因子动态调控轨迹。 从单细胞RNA-seq和ATAC-seq的整合分析提供了对人类造血功能的调节特征和动态的见解,在实验或计算上整合...
1) 10x scATAC+10x scRNA:转录组适合做细胞悬液的,组织分为两份,一份悬液做10x scRNA-seq,另一份直接抽核做10x scATAC-seq。转录组适合抽核的,抽一份核悬液,分开分别做单细胞转录组和ATAC。后续生信分析,可通过Find Transfer Anchors鉴定scATAC-seq数据集和scRNA-seq数据集的锚点进行整合分析。 2)10x Chrom...
10x单细胞ATAC测序(Singel Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq),该技术可进行单细胞染色质易开放区域测序,展示表观遗传学⽅⾯的变化,并深入了解基因调控机制。 染色质可及性(chromatin accessibility):DNA与组蛋白结合形成核小体,核小体进一步折叠压缩后形成染...