为了识别每个簇可达性不同的转录因子motifs, Cell Ranger ATAC对每个motif和每个cluster进行测试,看簇内均值和簇外均值是否存在差异。熟悉我们的单细胞基因表达解决方案的用户可能会认识到,这与Cell Ranger用于识别差异基因表达的工作是相同的。为了发现细胞群之间的差异可达基序,Cell Ranger ATAC使用负二项(NB2)广义线性...
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213609 1>log-SRR16213609.txt 2>&1 bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213610 1>log-SRR16213610.txt 2>&1 然后就得到了3个样品的cellranger-atac 的流程的输出文件,其实跟前面分享的单细胞转录组大同小异。 $ tree -h . |-- [ 0] SRR16213608 | |-- [ 75M]...
大体的实验过程就是在上仪器前,制备细胞核悬液,然后用Tn5酶处理细胞核,上机进行分选打标记,测序,最后进行数据分析,目前分析的软件主要是用10x提供的cellranger-ATAC进行分析(图 3)。 图3. 单细胞ATAC-seq流程图 单细胞数据出来后,最主要的就是做t-SNE聚类,将细胞进行分群,找到新的亚群。分群的依据就是根据差异...
scATAC-seq Perturb-seq (CRISPR library) 可玩性非常高,特别是结合具体的临床医学问题。 分析所使用的工具: cellranger 【分析常规scRNA-seq,antibody hashtag,Perturb-seq】 spaceranger 【visum空间转录组数据】 cellranger-atac 【独立分析ATAC数据】
cellranger-atac aggraggregates and analyzes the outputs from multiple runs ofcellranger-atac count(such as from multiple samples from one experiment) by performing the following steps: Normalization of input runs to same median fragments per cell (sensitivity) ...
cellranger-atac计数管道输出一个类似于bed的表格文件，其中每一行代表一个唯一的ATAC-seq片段捕获的化验。每个片段由两个单独的换位事件创建，这两个事件创建观察到的片段的两端。每个惟一的片段可以生成多个重复读取。这些重复的读取被折叠成一个片段记录。fragments文件的前三列定义为BED格式，因此fragments...
Cell Ranger ATAC Cell Ranger ATAC is a set of free analysis pipelines for processing Chromium Single Cell ATAC dataLearn more Loupe Browser Loupe Browser is a desktop application for Windows and MacOS that allows you to interactively visualize dataLearn more ...
bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213610 1>log-SRR16213610.txt 2>&1 然后就得到了3个样品的cellranger-atac 的流程的输出文件,其实跟前面分享的单细胞转录组大同小异。 $ tree -h . |-- [ 0] SRR16213608 | |-- [ 75M] filtered_peak_bc_matrix.h5 ...
bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213610 1>log-SRR16213610.txt 2>&1 然后就得到了3个样品的cellranger-atac 的流程的输出文件,其实跟前面分享的单细胞转录组大同小异。 $ tree -h . |-- [ 0] SRR16213608 | |-- [ 75M] filtered_peak_bc_matrix.h5 ...