为了识别每个簇可达性不同的转录因子motifs, Cell Ranger ATAC对每个motif和每个cluster进行测试,看簇内均值和簇外均值是否存在差异。熟悉我们的单细胞基因表达解决方案的用户可能会认识到,这与Cell Ranger用于识别差异基因表达的工作是相同的。为了发现细胞群之间的差异可达基序,Cell Ranger ATAC使用负二项(NB2)广义线性...
and then sequenced on a single flow cell. Assuming the FASTQs have been generated withcellranger-atac mkfastq, you just need to runcellranger-atac countas described
bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213609 1>log-SRR16213609.txt 2>&1 bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213610 1>log-SRR16213610.txt 2>&1 然后就得到了3个样品的cellranger-atac 的流程的输出文件,其实跟前面分享的单细胞转录组大同小异。 $ tree -h . |-- [ 0] SRR16213608 | |-- [ 75M]...
Cell Ranger是一套用于在本地处理Chromium单细胞数据的免费分析流程。 了解Cell Ranger Cell Ranger Cell Ranger是一套用于在本地处理Chromium单细胞数据的免费分析流程。 了解Cell Ranger Loupe Browser 利用可视化工具 Loupe Browser 对 Chromium 单细胞基因表达数据进行可视化和解读,该工具可识别基因表达模式和细胞群。
cellranger-atac计数管道输出一个类似于bed的表格文件，其中每一行代表一个唯一的ATAC-seq片段捕获的化验。每个片段由两个单独的换位事件创建，这两个事件创建观察到的片段的两端。每个惟一的片段可以生成多个重复读取。这些重复的读取被折叠成一个片段记录。fragments文件的前三列定义为BED格式，因此fragments...
bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213610 1>log-SRR16213610.txt 2>&1 然后就得到了3个样品的cellranger-atac 的流程的输出文件,其实跟前面分享的单细胞转录组大同小异。 $ tree -h . |-- [ 0] SRR16213608 | |-- [ 75M] filtered_peak_bc_matrix.h5 ...
bash run-cellranger_hg38.sh SRR16213610 1>log-SRR16213610.txt 2>&1 然后就得到了3个样品的cellranger-atac 的流程的输出文件,其实跟前面分享的单细胞转录组大同小异。 $ tree -h . |-- [ 0] SRR16213608 | |-- [ 75M] filtered_peak_bc_matrix.h5 ...
Cell Ranger ATAC is a set of free analysis pipelines for processing Chromium Single Cell ATAC dataLearn more Loupe Browser Loupe Browser is a desktop application for Windows and MacOS that allows you to interactively visualize dataLearn more ...
Cell Ranger ATAC aggr管道要求您将singlecell.csv指定为aggr_csv参数的一部分。另一方面，Cell Ranger ATAC reanalyze管道以singlecell.csv文件的形式接受单元条形码的可选输入。您可以通过编辑singlecell.csv文件中的单元格调用列来控制从每个库中分析哪些单元格。特别是，您只需要编辑is_{species} cell ...
Cell Ranger ATAC transforms the barcode string into a 64-bit integer using a hash function. When a group of read pairs share the same (start, end, hashed barcode), one of them is labeled as unique and the rest are labeled duplicates. If the unique read passes the filters described in ...