好了,今天我们参考的文章在MIRA: Joint regulatory modeling of multimodal expression and chromatin accessibility in single cells,来看看多模态的单细胞ATAC联合分析方法。 Abstract 严格比较同一单细胞中的基因表达和染色质可及性,可以阐明这些机制的耦合或解耦如何调节fate commitment的逻辑(看来这里分析的是单细胞多组...
hello,大家好,这一篇给大家带来的是10X单细胞和10XATAC联合进行网络调控的分析,也很经典,参考的文献在IReNA: integrated regulatory network analysis of single-cell transcriptomes,我们看看分析的方法和内容,关于10X单细胞联合ATAC分析调控网络的内容,大家可以参考我之前的文章10X单细胞(10X空间转录组)基因调控网络分析之...
10x 单细胞ATAC测序10x单细胞ATAC测序(Singel Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq),该技术可进行单细胞染色质易开放区域测序,展示表观遗传学⽅⾯的变化,并深入了解基因调控机制。 染色质可及性(chromatin accessibility):DNA与组蛋白结合形成核小体,核小体...
10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
利用peaks及对应的基因,分析获得细胞聚类结果,在测试数据中,基于染色质可接近程度,可将样本细胞分为13个亚群。 转录因子motif富集分析 图4 实测数据转录因子motif富集分析可视化展示 转录因子结合在特定的motif上,利用10x Genomics单细胞ATAC-seq数据,可对peaks中的motif进行富集分析,同时可使用10x Genomics官方的可视化软...
那么10x单细胞ATAC的原理是什么那? 单细胞核悬液通过10x的仪器进行分选并打上特异的标记,这样获得的数据就来自每一个细胞核。大体的实验过程就是在上仪器前,制备细胞核悬液,然后用Tn5酶处理细胞核,上机进行分选打标记,测序,最后进行数据分析,目前分析的软件主要是用10x提供的cellranger-ATAC进行分析(图 3)。
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...
单细胞ATAC-seq,顾名思义就是从单细胞水平上研究染色质开放性,已经被广泛应用于多个研究领域,例如: 肿瘤异质性研究 基因调控网络分析 细胞谱系示踪 生物标记物发现 03 单细胞ATAC-seq发表情况 根据Web of Science搜索“single cell ATAC”关键词获得的引文分析结果,从出版年统计可以看出18年单细胞ATAC-seq文章发表数...
Cell Ranger ATAC通过主成分分析(PCA)、潜在语义分析(LSA)或概率潜在语义分析(PLSA)支持降维。所采用的默认方法是LSA,但是用户可以通过向Cell Ranger ATAC提供降维参数(—dim-reduce=< method >)来指定使用哪个方法。这些方法中的每一种都作用于经过过滤的峰条形码矩阵,该矩阵由称为峰的cell条形码的切割位点计数组成...
目前单细胞ATAC已经被广泛应用于多个研究领域,如:肿瘤异质性研究、基因调控网络分析、细胞谱系示踪、生物标记物发现等。极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服务,并且将单细胞测序技术与器官小体技术结合,助力药物筛选和新药研发。...