采用一组免费且易用的分析流程来分析单细胞ATAC数据,以便鉴定开放染色质区域,注释基序,并分析可及性差异。 了解更多 下载 Cell Ranger ARC 采用一组免费且易用的分析流程来分析单细胞多组学ATAC + 基因表达数据,以开展初步分析和二次分析。 了解更多 下载 Space Ranger 采用一组免费且易用的分析流程来分析空间基因...
Chromium Next GEM Single Cell ATAC Kit v2, 16 rxn Compatible Instruments Chromium XChromium iX 构建你自己的Epi ATAC实验 设计适合您的实验 开始构建 文档和资源 查看所有技术文档 Product sheet 下载产品说明 Sample prep Chromium细胞核分离试剂盒样本制备用户指南 ...
前面我们组建的《单细胞多组学上下游全打通》的微信交流群,提到了该文章的数据集PRJNA768891里面的 atac的10x的单细胞,在ena下载是没有用的,必须去ncbi的sra下载,然后自己转fq文件。见:单细胞数据在ENA数据库和NCBI的SRA是有区别的 软件和数据库文件都需要自己在10x的官网简单的注册后免费的下载和安装: 528M 3月...
目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐。 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞...
10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件,同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便,支持windows和mac两种操作系统,下载地址如下 https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest ...
10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术公司,可以应用于多种单细胞测序上,包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC,简而言之可以理解为从mRNA捕获到下机的一整套流程,是目前最常用的技术。
对于10X单细胞数据,因为有三个文件I1,R1,R2,所以对着三个文件都进行下采样。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 seqtk sample-s100 input_S1_L001_I1_001.fastq.gz30000000>output_S1_L001_I1_001.fastq.gz seqtk sample-s100 input_S1_L001_R1_001.fastq.gz30000000>output_S1_L001_...
ATAC 适用于 Chromium fixed RNA分析的组织固定和解离方案(CG000553, Rev A) 根据最近发布的 Cell Ranger ATAC 2.1.0 更新了指标、预期值和数据 (在此处下载). Fixed RNA Profiling 解读单细胞 ATAC 检测的 Cell Ranger ATAC Web Summary文件(CG000202, Rev B) ...
10X Genomics作为综合单细胞测序技术公司，提供包括Single cell gene expression、Single cell Immune Profiling、Single cell CNV、Single cell ATAC等在内的单细胞测序解决方案，形成从mRNA捕获到下机的完整流程。在单细胞测序过程中，Gel beads扮演关键角色。它们通过连接特定的Oligo dT序列捕获细胞中的mRNA。
单细胞转录组+ATAC-seq+RNA-seq:解析西妥昔单抗耐药性 Science |单细胞+T细胞免疫组揭示胸腺细胞的发育轨迹 单细胞转录组+空间转录组:追星就是要趁早! 来了-单细胞免疫组库升级版v2.0 Nature Protocols | 风口浪尖-抓住空间转录组技术的机遇收录于合集 ##单细胞...