ATAC-seq的原理基于转座酶的作用。在ATAC-seq实验中,细胞核被孵育在含有转座酶的反应液中,转座酶会识别并结合到染色质上的开放区域,然后插入DNA测序适配器。接着,DNA片段被PCR扩增,并进行高通量测序。通过测序数据的分析,可以确定染色质的可及性和开放区域的位置。 2. 实验流程: a. 细胞溶解,首先,需要从目标细...
2. 捕获率高:细胞捕获率最高可达65%; 3. 短时高效:十几分钟内可完成上万个细胞封装,一天内获得测序文库; 4. 双细胞发生率低:多细胞率低于0.9%/1000cells; 5. 针对V(D)J分析,可检出单个细胞的配对的TCR/BCR双链V(D)J全长...
捕获率高:细胞捕获率最高可达65%; 短时高效:十几分钟内可完成上万个细胞封装,一天内获得测序文库; 双细胞发生率低:多细胞率低于0.9%/1000cells; 针对V(D)J分析,可检出单个细胞的配对的TCR/BCR双链V(D)J全长序列; 针对ATAC分析,线粒体污染率...
10x单细胞ATAC测序(Singel Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq),该技术可进行单细胞染色质易开放区域测序,展示表观遗传学⽅⾯的变化,并深入了解基因调控机制。 染色质可及性(chromatin accessibility):DNA与组蛋白结合形成核小体,核小体进一步折叠压缩后形成染...
ATAC-seq 技术简介sc-ATAC-seq细胞类型注释策略 Barcode Processing 执行此步骤是为了修复条形码(barcode,细胞的标识)中偶尔出现的测序错误,从而使片段与原始条形码相关联,从而提高数据质量。16bp条形码序列是从“I2”索引读取得到的。每个条形码序列都根据正确的条形码序列的“白名单”进行检查,并计算每个白名单条形码的频...
一、10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术原理 为同时获得同一细胞的转录组和表观组,10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术首先利用Tn5转座酶对细胞核悬液进行核DNA转座,Tn5转座酶优先切割开放染色质区域中的核DNA。然后利用Chromium平台进行单细胞基因表达(GEX)和ATAC文库制备,该过程将单个细胞核、反应试剂与...
10X V3&V3.1 5'&5'-v2 ATAC&ATAC-v1.1对比 10XGenomics 新旧试剂 使用对比 单细胞小白的实验心得
兼容性高,10X ATAC文库可同时兼容NovaSeq, HiSeq, NextSeq和MiSeq等平台 样品涵盖范围广,可以处理细胞系、原代细胞、新鲜样品和冻存样品 结果展示方便,10X官方提供Loupe Cell Browser可视化交互软件 结语 欧易生物是国内较早引进10X Genomics平台的机构之一,打造了专业的单细胞分析团队,积累了丰富的单细胞项目经验,同时...
兼容性高,10X ATAC文库可同时兼容NovaSeq, HiSeq, NextSeq和MiSeq等平台 样品涵盖范围广,可以处理细胞系、原代细胞、新鲜样品和冻存样品 结果展示方便,10X官方提供Loupe Cell Browser可视化交互软件 结语 欧易生物是国内较早引进10X Genomics平台的机构之一,打造了专业的单细胞分析团队,积累了丰富的单细胞项目经验,同时...
10x单细胞多组学包含多种技术,以单细胞转录组测序、ATAC-seq与基因表达多组学为例,原理如下: 单细胞转录组测序原理。 1. 细胞悬液制备:将组织样本通过机械解离、酶解等方法处理,使其成为单细胞悬液,并进行细胞质检、计数和活性测定,一般要求细胞活性高于90%,细胞浓度为700-1200个/μL。 2. GEMs制备:利用微流控...