10X空间转录组数据经过上游的定量分析后的输出数据最标准的格式应该每个样本都有一个目录,该样本目录内有一个filtered_feature_bc_matrix.h5+spatial图像文件夹 以GSE267029数据集的下载和里面的单个样本的分析为例 空间转录组数据的下载和解压 在该GEO数据集网页下方Download栏处我们点击http来下载GSE267029_RAW.tar这个...
📚 转录组上游分析学习笔记与代码 包含内容:数据下载与解压、数据过滤与质控、参考基因组下载与整理、比对、定量、生成表达矩阵、差异分析等步骤。 展示形式:基础知识铺垫、代码理解、具体实操、批量处理、拓展与小技巧(例如使用fastp进行数据过滤与质控)。📝 目录结构概览: 1️⃣ 数据下载及解压 2️⃣ 数据...
一键式代码+教程:单细胞分析最全面的教程,分析方式、分析思路和结果解读,全都包含。看这一个视频就够了!分群聚类、富集分析、拟时序、RNA速率分析、细胞通讯分析 6232 2 46:57 App 1-4 单细胞标准分析流程—实战课 1.7万 6 31:17 App 单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析标准流程(下集,python Scanpy) 1324 ...
转录组分析流程。 1.质量控制。 使用FastQC等工具评估原始RNA-seq数据的质量。 过滤低质量读数和接头序列。 2.比对。 使用HISAT2等工具将reads比对到参考基因组。 过滤未比对和多比对的reads。 3.定量。 使用FeatureCounts等工具计算每个基因的表达水平。 标准化表达水平,例如RPKM或TPM。 4.数据归一化。 使用DESeq...
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单细胞/转录组/生信入门,注释代码和数据见评论区(进群包更新)。非诚勿扰。v:zhaosix66。 充电 关注1.2万 单细胞测序 1/1 创建者:钒钒钒- 收藏 单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门 3.3万播放 单...
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零代码实现预后模型构建 快速完成单因素多因素COX模型、独立预后、绘制生存曲线、ROC曲线、列线表 | 翰佰尔生物 翰佰尔生物 捡羊毛的咩 49:55 【3】单细胞分析零代码操作流程 单细胞技术原理 质控标准化 Maker基因鉴定 差异基因富集分析【翰佰尔生物】 ...
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