转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
本研究对肿瘤移植14天后的PDAC AhR缺失小鼠和PDAC正常小鼠的肿瘤样本进行scRNA-seq测序;对PDAC肿瘤内巨噬细胞、组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/...
转录代谢联合分析在国内外已取得了重要进展,研究人员主要采用生物信息学分析、机器学习等方法对转录组和代谢组数据进行整合和分析,发掘基因与代谢物之间的关联规律、识别基因和代谢物的关键调控节点、揭示生物体内代谢途径的调控机制等方面取得了重要进展。但是,如何对转录组和代谢...
图2 转录组和代谢组的PCA图 注：图中每个点代表一个样本，不同的颜色表示不同的组别；样本的距离越近，代表基因和代谢物的表达模式越相近；样本的距离越远，代表生物学处理对样本造成的影响越大。通过对a图和 b图的比较，可以看到转录组与代谢组表达趋势变化的异同。二、差异基因和差异代谢物的KEGG通路关联分析 ...
代谢组与转录组联合分析的方法 1)基于代谢通路分析的关联分析 基于两组变化显著的基因和代谢物共同富集到的通路关系,可能在一条或几条通路中基因的表达水平发生改变导致下游的代谢物水平同时发生变化,最终影响到生物体表型发生明显变化,这样可以说明基因和代谢物及表型之间的直接关系。对共有通路使用气泡图展示其通路的...
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物，是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物,是生物体在内外调控下基因转录的最终结果,也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大,因此,代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...
联合分析思路 1.首先通过单细胞转录组测序,锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因,关联下游的代谢图谱,起到验证单细胞结论的作用。 2.先进行代谢组分析,识别出那些具有显著差异的代谢物,再通过单细胞转录组测序锁定相关基因和代谢通路,实现从发现现象到机制解析的过程。
接下来,再分享几篇最新的基迪奥生物“转录组+代谢组”联合分析项目文章供大家参考,也欢迎有相关意向的老师咨询。 案例1 转录组、代谢组分析揭示了扇贝对毒性的耐受机制 英文标题:Coordination regulation of enhanced performance reveals the tolerance mechanism of Chlamys farreri to azaspiracid toxicity ...