转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
haCCA(GitHub - LittleLittleCloud/haCCA: anchor spots pairs and high correlated feature pairs assist multi-module spatial assay integrating)是一个工作流程,它利用高相关性特征对并结合改进的空间形态学对齐,以确保空间转录组和代谢组数据点对点整合的高分辨率和准确性。 haCCA通过六个步骤整合空间转录组和空间代...
本研究对肿瘤移植14天后的PDAC AhR缺失小鼠和PDAC正常小鼠的肿瘤样本进行scRNA-seq测序;对PDAC肿瘤内巨噬细胞、组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/...
单细胞转录组可以为大脑不同细胞类型的无偏移样本定量,提供分子特征;但在验证和整合结果方面,还不能满足空间组织和功能定位方面的要求,也缺乏代谢信息,而空间转录组(ST)可以解决这一问题。在该文章当中,利用6名脑外伤患者术后样本进行空间转录组和空间代谢组联合分析,由此产生的空间标记基因可以反映人类受伤大脑中代谢...
转录代谢联合分析在国内外已取得了重要进展,研究人员主要采用生物信息学分析、机器学习等方法对转录组和代谢组数据进行整合和分析,发掘基因与代谢物之间的关联规律、识别基因和代谢物的关键调控节点、揭示生物体内代谢途径的调控机制等方面取得了重要进展。但是,如何对转录组和代谢...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
转录组+代谢组的WGCNA分析思路包括:关键代谢物筛选,代谢物与基因相关性模块确立,候选基因挖掘三部分。 1.关键代谢物筛选 代谢物与转录组的WGCNA分析时,关键的代谢指标一般在30(文章经验值,无具体数据支撑)个左右,过多的代谢指标会增加后期基因筛选的复杂性。因此进行关联分析时一般先进行关键代谢物的筛选,把一些表达...
转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; ...
RNA-seq和根部转录组分析 6 差异表达基因的功能注释 7 序列对比与拼接 8 根系分泌物提取和非靶向代谢分析 9 SWATH 数据采集与分析 10 根染色和组织学 结果 1 短柄草根对禾谷镰刀菌(Fg)WT(CS3005)和DON缺陷菌株(Tri5突变体)的感染反应不同 为了研究Bd根在防御根病原体中的潜在作用,评估了Fg感染后Bd根的转...
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物，是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...