转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/6J小鼠胃肠道进行靶向代谢组检测,获取吲哚化合物含量;对使用抗生素氨苄西林(Amp)处理、耐万古...
通过UPLC-MS/MS技术,在对照组与各PS-NPs处理组之间共鉴定出318个差异积累代谢物 (DAMs),其中上调DAMs数量远多于下调DAMs。通过整合转录组和代谢组数据,发现植物可以通过抗氧化酶系统抵消轻度PS-NP诱导的氧化应激,而不启动次级代谢防御机制。而重度PS-NP处理促进了代谢模式从初级代谢到次级代谢防御机制的转变,这种效应...
1.首先通过单细胞转录组测序,锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因,关联下游的代谢图谱,起到验证单细胞结论的作用。 2.先进行代谢组分析,识别出那些具有显著差异的代谢物,再通过单细胞转录组测序锁定相关基因和代谢通路,实现从发现现象到机制解析的过程。 案例1 英文标题:Immune rebalancing at the mater...
转录组+代谢组关联分析整体可以分为两大部分,基于KEGG通路的kegg注释和富集分析;基于相关性的关联分析。 KEGG 基于KEGG的关联分析 KEGG通路注释 KEGG数据库的特点是,将基因和代谢物以图形化的形式显现出来,以便研究者了解生物体内基因与代谢的合成调控过程。对转录组与代谢组的...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
9分转录和代谢组学结合,已经给你整明白了 概普生信发表于事事聊科研 转录组学与代谢组学整合分析 转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内完整转录信息的集合,代表了基因表达的中间状态。代谢组学是对细胞、生物流体、组织或生物体内的小分子(通常称为代谢物)的大规模研究。代谢物是生… 百泰派克生...发表于多...
基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与表型变化之间的连接，从“因”和“果”两个层面剖析生物学问题，通过筛选某一生物学过程中的关键基因以及代谢产物，构建核心的生物学代谢通路以及调控网络，解释影响表型...
WGCNA分析:通过基因相似的表达模式,将基因归类到数个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,从而找到与关注的代谢过程最相关的模块,并构建共表达调控网络,鉴定关键基因。 相关性分析:基于基因表达量和代谢物含量计算基因和代谢物的相关性系数,推荐Pearson算法。这个方法原理其实和WGC...
转录组+代谢组的WGCNA分析思路包括:关键代谢物筛选,代谢物与基因相关性模块确立,候选基因挖掘三部分。 1.关键代谢物筛选 代谢物与转录组的WGCNA分析时,关键的代谢指标一般在30(文章经验值,无具体数据支撑)个左右,过多的代谢指标会增加后期基因筛选的复杂性。因此进行关联分析时一般先进行关键代谢物的筛选,把一些表达...