转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果获得不同果实发育过程的主要代谢物变化,转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因,以及差异基因与Top20差异代谢物的互作网络,筛选出bHLH25可能调节糖和酸、生物碱和倍半萜。 Fig3...
研究概述：本研究旨在通过整合转录组学、代谢组学和全基因组关联分析（GWAS）数据，揭示代谢物水平和疾病风险的分子机制。研究发现，调控代谢物水平的遗传变异更有可能影响基因表达和疾病风险。将转录组学与代谢组学结果整合，对521种代谢物的397个基因进行了优先排序，其中包括496个先前鉴定的具有强功能联系的基因-代谢...
图2 转录组和代谢组的PCA图 注：图中每个点代表一个样本，不同的颜色表示不同的组别；样本的距离越近，代表基因和代谢物的表达模式越相近；样本的距离越远，代表生物学处理对样本造成的影响越大。通过对a图和 b图的比较，可以看到转录组与代谢组表达趋势变化的异同。二、差异基因和差异代谢物的KEGG通路关联分析 ...
转录组分析能揭示上万种基因的表达模式变化,代谢组能揭示代谢物积累的变化,二者通过KEGG注释和富集分析,可以共同揭示如糖代谢等途径的变化。除此之外,也可以考虑用WGCNA将二者关联起来。WGCNA依据基因相似的表达模式,将上万基因归类到十几个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,...
图1 代谢物和基因的关联网络 转录组+代谢组的多组学分析,可以同时实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,相互间进行验证,从海量的数据中筛选出关键基因、代谢物及代谢通路,深度解析生物系统的宏观发育过程,解释生物过程的复杂性和整体性。 二、研究思路 ...
转录组+代谢组关联分析整体可以分为两大部分,基于KEGG通路的kegg注释和富集分析;基于相关性的关联分析。 KEGG 基于KEGG的关联分析 KEGG通路注释 KEGG数据库的特点是,将基因和代谢物以图形化的形式显现出来,以便研究者了解生物体内基因与代谢的合成调控过程。对转录组与代谢组的...
转录组+代谢组的WGCNA分析思路包括:关键代谢物筛选,代谢物与基因相关性模块确立,候选基因挖掘三部分。 1.关键代谢物筛选 代谢物与转录组的WGCNA分析时,关键的代谢指标一般在30(文章经验值,无具体数据支撑)个左右,过多的代谢指标会增加后期基因筛选的复杂性。因此进行关联分析时一般先进行关键代谢物的筛选,把一些表达...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。
通过O2PLS分析可以寻找出两个组学比较相关联的差异基因和差异代谢物，为之后的研究提供新的思路。1. O2PLS转录组载荷图 图2O2PLS转录组载荷图 注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个分量绝对值之和的前50个基因。2.O2PLS代谢组载荷图 图3 O2...