分别收集在15℃(CG)、2.8℃(CT)、3.8℃(CS)水温培养下的黑鲷肝脏组织来进行转录组和代谢组检测。DEMs分析结果显示,下调的代谢产物数量高于上调的代谢产物,与转录组的结果一致。代谢组学联合分析显示,CS组个体主要通过脂质代谢和氨基酸代谢为机体提供能量,同时细胞凋亡途径被激活。而CT组的个体主要通过葡萄糖代谢和类固...
即经过代谢组单组学分析后,发现FOXO1通过改变不同代谢产物的分泌和相关代谢通路来调控脂肪生成的。 图3. POS模式和NEG模式下的代谢产物分析结果(C-H由Omicsmart绘制):差异分析(A、B);KEGG富集分析(C、D);相互作用网络图(E、F);MSEA分析(G、H) 3. 转录组-代谢组分析 在进行多组学关联分析的时候,主要是将它...
这些疾病通常与不同细胞类型的代谢失调和相互作用有关,而单细胞转录组和代谢组的关联分析使我们能够深入了解这些细胞间的复杂生命活动。 通过整合单细胞转录组和代谢组数据,不仅有助于揭示细胞类型之间的差异,还有助于分析代谢通路的活性,从而解释了疾病的发展和发病机制。例如,Sai sai Tian等人[3]通过单细胞转录组和...
转录组测序和代谢组质谱检测由于分别是基因型和表型研究技术应用的代表,将二者数据关联分析或用来互相验证结果成为很多研究的首选,其研究精度正因单细胞组学和空间组学的出现,得到大幅度提升。科研人员开始陆续使用最前沿的single-cell RNA-seq(scRNA-seq,单细胞转录组)、ST(空间转录组)、spatial metabolome(空间代谢组)...
图1:单细胞转录组和代谢组可通过相关代谢通路进行关联 一、单细胞转录组的差异分析 在不同分组的单细胞数据中,组间的差异通常会直观的反映在细胞数量上。因此我们可以首先关注存在明显细胞频率差异的细胞类型,接着寻找这个细胞类型的组间差异表达基因。最后再对找到的组间差异表达基因进行通路富集分析寻找关键代谢通路。
>>基于功能通路的关联分析策略 该分析主要基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”。以相同生物学意义为基础,通过代谢组数据获得重要差异代谢物或重要代谢通路,联合转录组数据鉴定出重要代谢通路上发生变化的目标基因。或者从转录组数据入手,经过差异分析获取大量差异基因,再结合代谢组数据,快速...
而代谢组分析可以用来研究物种代谢产物的最终组成,进一步可以对物种表型和生物功能产生重要影响。通过将转录组和代谢组两种技术结合在一起进行分析,可以更好地解释基因表达水平和细胞功能的关联,从而更好地解释生物活性。 此外,转录组和代谢组关联分析也可以用来研究某一疾病中的复杂网络机制,帮助我们理解特定疾病是如何...
在总结上,转录组和代谢组关联分析是一种实用的研究方法,能够更好地理解基因表达和代谢产物之间的关系,从而使我们更深入地了解细胞的功能性和生物学机制。转录组和代谢组关联分析提供了一种综合的方法来研究基因表达和代谢产物的表达,并且可以应用于疾病的诊断与治疗,从而对更高水平的细节提供更全面的解释。©...
转录组与代谢组关联分析:使用R语言的Pearson方法 转录组和代谢组分析是现代生物学研究中的重要组成部分。转录组分析能够揭示基因在特定时间和情况下的表达情况,而代谢组分析则提供了细胞代谢物的全面视图。将这两者结合进行关联分析,可以帮助我们更好地理解生物过程及其动态变化。
动物模型多组学联合分析的研究思路: 通过微生物组、代谢组和转录组的联合分析,全面揭示代谢物、微生物和宿主基因表达之间的相互调控关系。从“果(表型)”到“因(分子机制)”的全面生物学问题探究。目前研究较多的是肠道-脑轴,其他组学尚未见报道。抓紧研究,可以为后续动物和细胞实验提供有力支持,对申请课题项目有很大...