本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果获得不同果实发育过程的主要代谢物变化,转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因,以及差异基因与Top20差异代谢物的互作网络,筛选出bHLH25可能调节糖和酸、生物碱和倍半萜。 Fig3...
即经过代谢组单组学分析后,发现FOXO1通过改变不同代谢产物的分泌和相关代谢通路来调控脂肪生成的。 图3. POS模式和NEG模式下的代谢产物分析结果(C-H由Omicsmart绘制):差异分析(A、B);KEGG富集分析(C、D);相互作用网络图(E、F);MSEA分析(G、H) 3. 转录组-代谢组分析 在进行多组学关联分析的时候,主要是将它...
KEGG 将基因组信息和高层次的代谢物的功能信息有机地结合起来,为基因组测序和其他高通量代谢实验技术产生的大数据代谢物信息提供系统化的分析。将转录组分析后得到差异基因和代谢组分析后得到的差异代谢物进行KEGG通路注释,两个组学数据相互验证,...
结合转录组与翻译组数据,利用“转录组+翻译组”关联策略,通过比较基因翻译水平与转录水平的差异,计算翻译效率或翻译起始效率并做差异分析,研究基因的翻译调控过程; 利用“转录组+蛋白质组”关联分析策略,用于探究生物体转录后调控机制,根据特定状态下的基因和蛋白表达情况,挖掘关键基因/蛋白。 除了这些关联组合,“转录组...
转录组与代谢组关联分析:使用R语言的Pearson方法 转录组和代谢组分析是现代生物学研究中的重要组成部分。转录组分析能够揭示基因在特定时间和情况下的表达情况,而代谢组分析则提供了细胞代谢物的全面视图。将这两者结合进行关联分析,可以帮助我们更好地理解生物过程及其动态变化。
在总结上,转录组和代谢组关联分析是一种实用的研究方法,能够更好地理解基因表达和代谢产物之间的关系,从而使我们更深入地了解细胞的功能性和生物学机制。转录组和代谢组关联分析提供了一种综合的方法来研究基因表达和代谢产物的表达,并且可以应用于疾病的诊断与治疗,从而对更高水平的细节提供更全面的解释。©...
首先,转录组可以用来研究一个物种的基因表达水平,揭示不同样本间转录组分析的差异,并确定调节基因的表达。而代谢组分析可以用来研究物种代谢产物的最终组成,进一步可以对物种表型和生物功能产生重要影响。通过将转录组和代谢组两种技术结合在一起进行分析,可以更好地解释基因表达水平和细胞功能的关联,从而更好地解释生物活...
多组学研究的大致思路为:先单独讨论各自组学层面发生了什么;再挑出代表性微生物、代谢物、功能基因等进行关联预测,解析组学间复杂的相互作用。例如,通过16S和非靶代谢技术探究HFF处理组肠道微生物群与代谢物的变化,再使用转录组揭示肝脏中宿主基因的改变,最后通过关联分析定位肠-肝轴关键的信息介质和信号通路。每个组学...
3） KEGG通路分析：利用转录组、代谢组分析后得到差异基因和差异代谢物数据进行 KEGG 通路注释，可以确定...
最近提出的全转录组关联分析(transcriptome-wide association studies,TWAS)是研究与变异性状关联的潜在基因调控机制的宝贵工具。具体来说,TWAS整合了GWAS和基于一组共同变异的表达图谱研究,旨在确定其GReX与表型相关的基因。目前已经开发了各种方法或软件(如PrediXcan,S-prediXcan,Fusion,UTMOST)来执行TWAS综合分析。为了...