本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果获得不同果实发育过程的主要代谢物变化,转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因,以及差异基因与Top20差异代谢物的互作网络,筛选出bHLH25可能调节糖和酸、生物碱和倍半萜。 Fig3...
转录组分析能揭示上万种基因的表达模式变化,代谢组能揭示代谢物积累的变化,二者通过KEGG注释和富集分析,可以共同揭示如糖代谢等途径的变化。除此之外,也可以考虑用WGCNA将二者关联起来。WGCNA依据基因相似的表达模式,将上万基因归类到十几个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,...
相比于转录组学,代谢组学的研究起步较晚,针对代谢通路构建的数据库仍很不完善,尤其对于非模式物种,因缺乏完整的代谢组信息,常常面临显著富集通路少或富集到的代谢物信息少等问题。同时,对于研究较少的领域,如脂质组,由于本身数据库收录不全面,能富集到的代谢物信息更是少之又少,无法将差异基因富集的代谢通路与差异...
KEGG 将基因组信息和高层次的代谢物的功能信息有机地结合起来,为基因组测序和其他高通量代谢实验技术产生的大数据代谢物信息提供系统化的分析。将转录组分析后得到差异基因和代谢组分析后得到的差异代谢物进行KEGG通路注释,两个组学数据相互验证,...
转录组与代谢组关联分析:使用R语言的Pearson方法 转录组和代谢组分析是现代生物学研究中的重要组成部分。转录组分析能够揭示基因在特定时间和情况下的表达情况,而代谢组分析则提供了细胞代谢物的全面视图。将这两者结合进行关联分析,可以帮助我们更好地理解生物过程及其动态变化。
而代谢组分析可以用来研究物种代谢产物的最终组成,进一步可以对物种表型和生物功能产生重要影响。通过将转录组和代谢组两种技术结合在一起进行分析,可以更好地解释基因表达水平和细胞功能的关联,从而更好地解释生物活性。 此外,转录组和代谢组关联分析也可以用来研究某一疾病中的复杂网络机制,帮助我们理解特定疾病是如何...
近些年来,转录组和代谢组关联分析已成为探讨研究和临床疾病及其生物学机制方面的一个新兴研究领域。这是一个比较新的和复杂的领域,随着技术的发展和深入,它也不断改变着今天的生物科学研究和临床实践。 转录组和代谢组之间存在显著的关联,这种关联可以使我们更好地了解细胞的活动,从而提供有关健康和疾病的信息。该...
在转录组 代谢组的多组学文章里,关键代谢通路变化的展示是一个非常关键的分析内容。在文章中,一般通路注释会与基因和代谢物的热图结合进行展示。既可以展示检出的差异基因和差异代谢物的情况,又可以展示基因和代谢物在不同的差异分组里的上下调关系。 图3 文章中展示的通路热图 ...
动物模型多组学联合分析的研究思路: 通过微生物组、代谢组和转录组的联合分析,全面揭示代谢物、微生物和宿主基因表达之间的相互调控关系。从“果(表型)”到“因(分子机制)”的全面生物学问题探究。目前研究较多的是肠道-脑轴,其他组学尚未见报道。抓紧研究,可以为后续动物和细胞实验提供有力支持,对申请课题项目有很大...
代谢组、转录组关联分析应用思路 代谢组、转录组关联分析应⽤思路 围绕转录组开展的多组学分析策略已是多种类型⾼分⽂章的必备“法宝”。利⽤“16S扩增⼦/宏基因＋宿主转录组”可⽤于探究物种与宿主的关联机制，根据物种变化规律定位关键基因，或者由基因表达量变化规律定位关键物种；结合转录组与翻译组数据...