转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
本研究对肿瘤移植14天后的PDAC AhR缺失小鼠和PDAC正常小鼠的肿瘤样本进行scRNA-seq测序;对PDAC肿瘤内巨噬细胞、组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/...
转录组和代谢组联合分析是一种多组学分析方法,它可以将来源于相同样本差异表达的基因和代谢物进行关联分析,从而揭示生物体内代谢途径的调控机制和生物标记。该方法可以利用生物信息学分析、机器学习等方法对转录…
1.首先通过单细胞转录组测序,锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因,关联下游的代谢图谱,起到验证单细胞结论的作用。 2.先进行代谢组分析,识别出那些具有显著差异的代谢物,再通过单细胞转录组测序锁定相关基因和代谢通路,实现从发现现象到机制解析的过程。 案例1 英文标题:Immune rebalancing at the mater...
多组学联合分析可以系统地解析复杂的生物学调控机制,特别是“转录组+代谢组”联合分析,可以同时从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,筛选出关键基因、代谢物和代谢通路,在植物生长发育、逆境胁迫下的响应机制、植物次生代谢物等研究领域有广泛应用。
多组学技术可以通过对生物多种组学进行分析,从而对不同层次分子在生命系统里的功能进行联合探究。转录组和代谢组是生物学研究中常用的两种高通量技术,转录组分析用于了解基因在不同条件下的表达情况,代谢组分析则可以揭示代谢物在不同条件下的变化。两种技术的结合可以更全面地...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物，是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...
9分转录和代谢组学结合,已经给你整明白了 概普生信发表于事事聊科研 转录组学与代谢组学整合分析 转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内完整转录信息的集合,代表了基因表达的中间状态。代谢组学是对细胞、生物流体、组织或生物体内的小分子(通常称为代谢物)的大规模研究。代谢物是生… 百泰派克生...发表于多...
WGCNA分析:通过基因相似的表达模式,将基因归类到数个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,从而找到与关注的代谢过程最相关的模块,并构建共表达调控网络,鉴定关键基因。 相关性分析:基于基因表达量和代谢物含量计算基因和代谢物的相关性系数,推荐Pearson算法。这个方法原理其实和WGC...