haCCA(GitHub - LittleLittleCloud/haCCA: anchor spots pairs and high correlated feature pairs assist multi-module spatial assay integrating)是一个工作流程,它利用高相关性特征对并结合改进的空间形态学对齐,以确保空间转录组和代谢组数据点对点整合的高分辨率和准确性。 haCCA通过六个步骤整合空间转录组和空间代...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
单细胞转录组可以为大脑不同细胞类型的无偏移样本定量,提供分子特征;但在验证和整合结果方面,还不能满足空间组织和功能定位方面的要求,也缺乏代谢信息,而空间转录组(ST)可以解决这一问题。在该文章当中,利用6名脑外伤患者术后样本进行空间转录组和空间代谢组联合分析,由此产生的空间标记基因可以反映人类受伤大脑中代谢...
转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
代谢组和转录组联合分析 在这个炎热的夏季,一场罕见的高温袭击了我国南方大部分地区,局部地区出现了近60摄氏度的高温,为人类生活和社会生产带来了极大的不便。而在暑期培训班中,有两门课程比较受欢迎:DNA分子克隆技术和细胞工程技术,这两门课程以其独特的魅力吸引着一批又一批渴求知识的莘莘学子。我也对其产生了浓厚...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。
通过O2PLS分析可以寻找出两个组学比较相关联的差异基因和差异代谢物，为之后的研究提供新的思路。1. O2PLS转录组载荷图 图2O2PLS转录组载荷图 注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个分量绝对值之和的前50个基因。2.O2PLS代谢组载荷图 图3 O2...
代谢组和转录组联合分析比仅使用代谢组或转录组数据分析更具优势。首先,联合分析可以更好地理解和表达基因的功能机制,因为转录组可以提供进行基因表达分析的信息,而代谢组则可以提供进行代谢组分析的数据,从而提供全面的生物学信息,如基因表达水平、功能、表型、代谢调控机制的相互关系等;其次,联合分析可以有效加强生物调...
转录组和代谢组联合分析在生物医学和生物学研究中具有重要作用,它可以帮助研究者从更全面、多维度的角度了解和解释生物学行为。它可以清晰描述从基因及蛋白质表达变化到代谢组水平变化的整个关联过程,这种分析也可以用于预测新的基因功能。此外,转录组和代谢组联合分析还可以为更好地理解复杂的系统提供有用的基础,有助...
转录组是指在一个细胞或组织中所有的基因都被转录出来的mRNA的集合,代谢组则是指在一个特定的生物系统中所有的代谢产物及其相互转化的过程。联合分析转录组和代谢组可以提供更为全面的生物学信息,不仅可以探究基因与代谢之间的关系,更能够揭示细胞内和组织间的全息机制和其在生物过程中的作用。本文将对联合分析转录组...