图2 转录组和代谢组的PCA图 注：图中每个点代表一个样本，不同的颜色表示不同的组别；样本的距离越近，代表基因和代谢物的表达模式越相近；样本的距离越远，代表生物学处理对样本造成的影响越大。通过对a图和 b图的比较，可以看到转录组与代谢组表达趋势变化的异同。二、差异基因和差异代谢物的KEGG通路关联分析 ...
单细胞转录组可以为大脑不同细胞类型的无偏移样本定量,提供分子特征;但在验证和整合结果方面,还不能满足空间组织和功能定位方面的要求,也缺乏代谢信息,而空间转录组(ST)可以解决这一问题。在该文章当中,利用6名脑外伤患者术后样本进行空间转录组和空间代谢组联合分析,由此产生的空间标记基因可以反映人类受伤大脑中代谢...
空间转录组分析显示P1和P3细胞与这些结果一致(图4D)。基因表达分析显示,P1和P2细胞独特高表达MAFA和DLL4, P3和P4细胞高表达TOMM6、CXCL14、ATP6V0C、PSMA6、CALML4、DBNDD2,、RNASE4和DEFB1(图4E)。P6细胞与转移无关,但表达了一组基因,包括CXCL1、CXCL2、CXCL3、VEGFA, ASPSCR1和IGF2(图4E)。P1和P3...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。 (来源于百迈客...
转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; ...
空间多组学技术能够解析转录组、代谢组、蛋白质组或表观遗传组水平上的空间分子谱。空间转录组学能够测量mRNA的表达,而基质辅助激光解吸电离质谱成像(MALDI-MSI)则能够在组织切片的特定光栅点处收集质荷比(m/z)光谱。将空间转录组学和MALDI-MSI相结合以生成多模块空间数据,能够更全面地理解和洞察切片点的生物状态。
通过O2PLS分析可以寻找出两个组学比较相关联的差异基因和差异代谢物，为之后的研究提供新的思路。1. O2PLS转录组载荷图 图2O2PLS转录组载荷图 注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个分量绝对值之和的前50个基因。2.O2PLS代谢组载荷图 图3 O2...
1.选择“联合通路分析”功能模块 点击“Joint Pathway Analysis”,该模块旨在对通路水平的转录组学/蛋白质组学和代谢组学数据进行综合分析。 2.上传数据 一般我们要①选择物种;②输入差异基因和差异代谢物数据;今天我们使用数据库自带的示例数据来进行分析。数据上传完之后,点击submit。
代谢组和转录组联合分析比仅使用代谢组或转录组数据分析更具优势。首先,联合分析可以更好地理解和表达基因的功能机制,因为转录组可以提供进行基因表达分析的信息,而代谢组则可以提供进行代谢组分析的数据,从而提供全面的生物学信息,如基因表达水平、功能、表型、代谢调控机制的相互关系等;其次,联合分析可以有效加强生物调...
转录组是指在一个细胞或组织中所有的基因都被转录出来的mRNA的集合,代谢组则是指在一个特定的生物系统中所有的代谢产物及其相互转化的过程。联合分析转录组和代谢组可以提供更为全面的生物学信息,不仅可以探究基因与代谢之间的关系,更能够揭示细胞内和组织间的全息机制和其在生物过程中的作用。本文将对联合分析转录组...