catRAPID omics可用于预测某个lncRNA能和哪些蛋白结合,或者预测某个蛋白能和哪些lncRNA结合。使用者可以从RNA出发,也可以蛋白出发,只需知道lncRNA的核酸序列或蛋白质的氨基酸序列即可: 1. 从lncRNA入手,以The long noncoding Xist repeat A region(简称RepA)为例,进入RNA序列模块,把RepA的序列信息输入即可: 输入邮...
会得到这样的结果也就是会反馈出一个rf值和一个svm值这两个都是回归方法的数值一个是随机森林randomforestsrf另一个是支持向量机supportvectormachinesvm这俩讲了你也不会明白的就只要知道这俩数值一般大于05之后才有意义可作为预测会相互结合的结果 如何预测LncRNA与蛋白的相互结合? 我叫林平之,是莫愁师姐的师弟,...
an integrated web server for identifyingfunctional RNA motifs and sites示例结合分析: 以H19为例 lncRNABase: 1. 打开主页面 2. 在“lncRNAGene Symbol”对话框中输入H19 3. 点击“search”,查询即可获取三、LncRNA与蛋白RNP结合预测 长链非编码RNAs(longnon-coding RNAs,lncRNAs)在表观遗传、转录和转录后...
2. 如何寻找lncRNA的结合蛋白? 针对这个问题,同样有两种方法:①实验方法;②生物信息学预测。 ①实验方法可通过RNA-pull down结合质谱等技术确定靶标; ②生物信息学预测目前公司还没有成熟的分析产品(备注:转录因子蛋白结合lncRNA的相互关系是可以分析滴),但可以给大家分享一个在线分析算法——catRAPID,在一些lncRNA...
2. 如何寻找lncRNA的结合蛋白? 针对这个问题,同样有两种方法:①实验方法;②生物信息学预测。 ①实验方法可通过RNA-pull down结合质谱等技术确定靶标; ②生物信息学预测目前公司还没有成熟的分析产品(备注:转录因子蛋白结合lncRNA的相互关系是可以分析滴),但可以给大家分享一个在线分析算法——catRAPID,在一些lncRNA...
莫愁:其实就先通过文献、功能以及最终作用的靶基因预测一下,你的lncRNA可能能和什么样的蛋白相互作用,然后再进一步用RNA-ChIP或者RNA pulldown来验证就可以了。一般是这样的: 预测的话,可以推荐你这个网站哈: 这个网站是专门分析RPIseq的网站,最简单的方法就是把你猜想的蛋白序列和RNA序列bia进去,然后点确认。
莫愁:其实就先通过文献、功能以及最终作用的靶基因预测一下,你的lncRNA可能能和什么样的蛋白相互作用,然后再进一步用RNA-ChIP或者RNA pulldown来验证就可以了。一般是这样的: 预测的话,可以推荐你这个网站哈: 这个网站是专门分析RPIseq的网站,最简单的方法就是把你猜想的蛋白序列和RNA序列bia进去,然后点确认。 会得...