就目前的发现而言,绝大多数的lncRNA发挥功能都是通过lncRNA-蛋白相互作用的方式来介导的。lncRNA通过与蛋白形成RNA-protein 复合物发挥多样性的功能,例如染色体调控复合物、转录因子及RNP复合物。因此,研究lncRNA-蛋白相互作用的技术可以帮助我们解开lncRNA的生物学功能。常用的用于研究lncRNA-蛋白相互作用的技术,请参见...
分子交互的直接作用有四种款式:蛋白结合DNA、蛋白结合蛋白、RNA结合RNA或DNA、RNA结合蛋白或蛋白结合RNA。 RNA结合蛋白或蛋白结合RNA是流行,是4种分子交互类型中研究难度最大也是逼格最高的。 鉴于lncRNA是当前研究的热点,我们今天按照的《三十六策》解构一篇2019年发表在Nucleic Acids Research(IF=11.14)的文章(题目见...
lncRNA与蛋白互作实验概述 lncRNA (Long non-coding RNA)即长链非编码RNA,通常长度在200-100000 nt,具有5’帽子和3’polyA尾巴结构。 近年来,越来越多的研究聚焦lncRNAs。lncRNA与蛋白质的结合是其重要的调控方式之一,通过与蛋白质的结合,lncRNA参与多种细胞过程。例如: 1 调控该结合蛋白的活性 2 改变该结合...
- 根据研究的lncrna和蛋白的种类,选择特异性的一抗。将一抗用合适的稀释液(如含1% BSA的PBS)稀释后,加入到细胞中。一抗是能够识别目标lncrna或者蛋白的“侦探”。在4°C下孵育过夜,让一抗充分与目标分子结合。这个过程就像是“侦探”在黑暗中寻找自己要找的“罪犯”(目标分子)。 5. 二抗孵育 - 第二天,将...
第三部分. lncRNA HOTAIR提高了AR介导的下游靶基因调控活性; 这一部分是说HOTAIR对AR介导的下游靶基因调控活性的影响,在lincRNA-P21那篇文章里面对应的是HIF-1α对lincRNA-P21的转录调节,都是转录因子蛋白对DNA的结合。 在这部分,主要强调的是lncRNA HOTAIR的作用,通过CHIP-seq/qPCR ...
涉及 一种lncRNA‑蛋白质相互作用预测方法及其相关 设备,包括根据lncRNA序列构建第一关联图 ;根 据蛋白质序列构建第二关联图;获取第一关联图 和第二关联图分别对应的目标矩阵;基于第一关 联图和第二关联图分别对应的目标矩阵,获取组 表征向量;根据组表征向量预测每个序列组中 lncRNA序列和蛋白质序列是否存在相互...
基于深度学习的lncRNA-蛋白质相互作用预测研究一、引言近年来,深度学习技术广泛应用于生物学各个领域,尤其是在RNA和蛋白质相互作用的预测上,显现出显著的效果。lncRNA(长链非编码RNA)作为一种重要的生物分子,与蛋白质的相互作用在多种生物学过程中发挥着重要作用。因此,对lncRNA-蛋白质相互作用(LPI)的预测研究具有重...
lncRNA(Long Non-Coding RNA) 是近年来的研究热点,其在肿瘤发生、免疫应答、机体发育等众多病理、生理过程中发挥重要作用。筛选和发现 lncRNA 互作蛋白并解析二者互作的分子机理,是提升lncRNA研究成果水准的实验内容。 在高通量筛选目的 lncRNA 的互作蛋白方面,pull-down 结合 Mass Spectrometry是目前最常用的方法。...
LncRNA与蛋白RNP结合预测 1.3.4LncRNA与蛋白RNP结合预测 长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)在表观遗传、转录和转录后水平上调控基因表达中起着重要作用,能够通过多种机制,包括遗传印记、染色质重塑、剪切调控、mRNA降解和翻译调控确定lncRNAs的功能,探索lncRNAs的主要工具包括微阵列、RNA测序(RNA-seq)、...
LncRNA是一类大于200nt的非编码RNA分子,在个体发育和疾病进程中都发挥了重要的作用。近年来,LncRNA的研究重点已经从早期的大规模鉴定,转移到了对具体的某个LncRNA的功能和机制的探索。 LncRNA主要通过与其他分子相互作用发挥功能,包括RNA,DNA和蛋白。其中...