②生物信息学预测包括通过位置关系和共表达分析来预测靶标,预测结果需实验方法的进一步验证。 2. 如何寻找lncRNA的结合蛋白? 针对这个问题,同样有两种方法:①实验方法;②生物信息学预测。 ①实验方法可通过RNA-pull down结合质谱等技术确定靶标; ②生物信息学预测目前公司还没有成熟的分析产品(备注:转录因子蛋白结合...
cis作用靶基因预测,认为LncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关,位于编码蛋白上下游的LncRNA可能与启动子或者共表达基因的其他顺式作用元件有交集,从而在转录或者转录后水平对基因的表达进行调控。判断一个LncRNA具有Cis调控作用通常要同时满足以下几个条件: 附近的基因表达情况与其保持一致; 该基因失活后会影响周围...
预测lncRNA结合蛋白的网站有很多,今天给大家介绍一个预测lncRNA结合蛋白的在线分析工具,功能强大,且简便易行。只需要输入序列,鼠标点点点就完事儿,是不是瞬间充满了动力。 catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。 话不多...
数据库功能: Submit a protein sequence and an RNA sequence to predict the interaction probability. 实例分析:以蛋白AGO2和LncRNA H19为例 Interaction probabilities Prediction using RF classifier 0.55 Prediction using SVM classifier 0.54 两者数值均>0.5,表示预测会相互结合 数据库优化: 该网站可预测已知的蛋...
在lncRNA-蛋白质关联预测系统中,GCN可以用于构建lncRNA和蛋白质的关联图,并通过对图结构的学习和推理,发现节点间的关联关系。GCN通过卷积操作对图的局部邻域进行信息聚合和传播,从而实现对节点特征的提取和更新。 四、系统设计与实现 1.数据准备:首先,收集lncRNA和蛋白质的序列信息、互作数据等,构建lncRNA-蛋白质...
莫愁:其实就先通过文献、功能以及最终作用的靶基因预测一下,你的lncRNA可能能和什么样的蛋白相互作用,然后再进一步用RNA-ChIP或者RNA pulldown来验证就可以了。一般是这样的: 预测的话,可以推荐你这个网站哈: 这个网站是专门分析RPIseq的网站,最简单的方法就是把你猜想的蛋白序列和RNA序列bia进去,然后点确认。
1. lncPro原理 参阅文献《Computational prediction of associations between long non-coding RNAs and proteins》 lncRNA常常被当作一种功能元件,lncRNA通过与结合蛋白互作来发挥其一定的生物学功能,所以lncPro的主要功能就是预测lncRNA与目标蛋白互作的得分,从而从生物信息学的角度判断lncRNA与protein是否有互作 ...
2、然后我们需要根据可能结合的miRNA再去预测可能结合的lncRNA，具体如何选择就看希望研究哪个基因了。那...
本文讨论了预测lncRNA与蛋白质或mRNA相互作用的网站，其中重点介绍了一个名为LncPheDB的数据库。LncPheDB不仅包含了lncRNA的信息，还对其序列、结构和功能进行了注释，方便研究者深入探索lncRNA的作用机制。在引言部分，提到在水稻研究中发现了一些错误，例如标注了籼稻而非粳稻，这突显了数据库在数据准确性...
http://www.cuilab.cn/lnctar预测和RNA的相互作用。http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/ http:/...