Guide archetype(指导分子):LncRNA可以指导蛋白复合物定位到特定调控位点,以此对靶基因进行调节。 Scaffold archetype(骨架分子):LncRNA可以作为多种分子元件(蛋白和/或RNA)组装的平台,招募形成各种复合物,从而对靶基因进行调控。[2] 3、如何预测LncRNA的靶基因? 正因为LncRNA有这么
基于深度学习的lncRNA-蛋白质相互作用预测研究一、引言近年来,深度学习技术广泛应用于生物学各个领域,尤其是在RNA和蛋白质相互作用的预测上,显现出显著的效果。lncRNA(长链非编码RNA)作为一种重要的生物分子,与蛋白质的相互作用在多种生物学过程中发挥着重要作用。因此,对lncRNA-蛋白质相互作用(LPI)的预测研究具有重...
LncRNA与蛋白RNP结合预测 1.3.4LncRNA与蛋白RNP结合预测 长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)在表观遗传、转录和转录后水平上调控基因表达中起着重要作用,能够通过多种机制,包括遗传印记、染色质重塑、剪切调控、mRNA降解和翻译调控确定lncRNAs的功能,探索lncRNAs的主要工具包括微阵列、RNA测序(RNA-seq)、No...
②生物信息学预测包括通过位置关系和共表达分析来预测靶标,预测结果需实验方法的进一步验证。 2. 如何寻找lncRNA的结合蛋白? 针对这个问题,同样有两种方法:①实验方法;②生物信息学预测。 ①实验方法可通过RNA-pull down结合质谱等技术确定靶标; ②生物信息学预测目前公司还没有成熟的分析产品(备注:转录因子蛋白结合...
本申请实施例属于数字医疗技术领域,应用于lncRNA与蛋白质间相互作用预测场景中,涉及一种lncRNA‑蛋白质相互作用预测方法及其相关设备,包括根据lncRNA序列构建第一关联图;根据蛋白质序列构建第二关联图;获取第一关联图和第二关联图分别对应的目标矩阵;基于第一关联图和第二关联图分别对应的目标矩阵,获取组表征向量;根据...
莫愁:其实就先通过文献、功能以及最终作用的靶基因预测一下,你的lncRNA可能能和什么样的蛋白相互作用,然后再进一步用RNA-ChIP或者RNA pulldown来验证就可以了。一般是这样的: 预测的话,可以推荐你这个网站哈: 这个网站是专门分析RPIseq的网站,最简单的方法就是把你猜想的蛋白序列和RNA序列bia进去,然后点确认。 会得...
《基于GCN的lncRNA-蛋白质关联预测系统的研究与实现》一、引言近年来,随着生物信息学与计算机科学技术的不断进步,长链非编码RNA(lncRNA)和蛋白质在生物体系中的作用愈发得到研究者的重视。对lncRNA和蛋白质的相互作用进行研究有助于深入了解基因调控的复杂性及机制,而寻找其相互关系就成为生物医学与生物信息领域研究的...
预测lncRNA结合蛋白的网站有很多,今天给大家介绍一个预测lncRNA结合蛋白的在线分析工具,功能强大,且简便易行。只需要输入序列,鼠标点点点就完事儿,是不是瞬间充满了动力。 catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。
基于神经网络的LncRNA与蛋白质互作关系预测算法
2、然后我们需要根据可能结合的miRNA再去预测可能结合的lncRNA，具体如何选择就看希望研究哪个基因了。那...