但由于基因组中普遍存在重复序列,此组装算法在遇到重复区域无法跨过时就会断掉,重复比例比较高的基因组组装会存在大量长度比较短的重叠群(contig)。 把组装出的重叠群(contig)从大到小排列,当其累计长度刚刚超过全部组装序列总长度50%时,最后一个重叠群(contig)的大小即为n50的大小,n50对评价基因测序的完整性有重要...
本发明涉及基因组重叠群的组装方法,特别涉及一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统,所述方法包括如下步骤:(1)提取样品基因组并超声打断;(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶,以构建不同插入片段的文库;(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序;(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2进行拼接...
一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统专利信息由爱企查专利频道提供,一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统说明:本发明涉及基因组重叠群的组装方法,特别涉及一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统,所述方法包...专利查询请上爱企查
基因组测序时Contig的质量判断引入了一个统计学的估算,即( ),大于其的重叠群可被入选,进入下一步的组装。A.Contig N90B.Contig N50C.Cont
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摘要: 本发明涉及基因组重叠群的组装方法,特别涉及一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统,所述方法包括如下步骤:(1)提取样品基因组并超声打断;(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶,以构建不同插入片段的文库;(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序;(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2...
一种基因组重叠群二代序列组装方法和系统专利信息由爱企查专利频道提供,一种基因组重叠群二代序列组装方法和系统说明:本发明公开了一种基因组重叠群二代序列组装方法和系统,所述方法包括:将样品基因组DNA打断至第一...专利查询请上爱企查
摘要：本发明涉及基因组重叠群的组装方法，特别涉及一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统，所述方法包括如下步骤：(1)提取样品基因组并超声打断；(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶，以构建不同插入片段的文库；(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序；(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和...
摘要：本发明公开了一种基因组重叠群二代序列组装方法和系统，所述方法包括：将样品基因组DNA打断至第一预定长度范围；对打断的DNA片段切胶选择第二预定长度范围，以构建不同插入片段的文库；对所述第二预定长度范围的DNA片段进行双末端测序，针对特定DNA片段得到具有重叠的第一读长序列和第二读长序列；对各个文库双...