#从Github拉取仓库 git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git 3. 实战 3.1. 数据准备 基因组文件:genome.fa Juicer结果:merged_nodups.txt 3.2. run # 对组装的信心高,用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了 # -r 代表 3d-dna 修正的次数 # merged_nodups.txt 在 上一步Juicer运行的align...
使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 总体流程 基因组组装可以是二代测序方法,也可以是三代测序组装方法,总之会得到contig。 Juicer的工作流程见下图,输入原始的fastq文件,处理得到中间文件.hic...
使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 总体流程 基因组组装可以是二代测序方法,也可以是三代测序组装方法,总之会得到contig。 Juicer的工作流程见下图,输入原始的fastq文件,处理得到中间文件.hic...
3D重建5万多年前的猛犸象染色体 | 了解基因组的三维结构可以提供除序列之外的许多额外信息,但大多数古代 DNA 标本都是由非常小的、混乱的 DNA 片段组成的。 近日,在一项发表于《细胞》(Cell)的研究中,一个国际研究小组组装了一只 52 000 年前的猛犸象的基因组和三维染色体结构,揭示了猛犸象基因组在活细胞内的...
8.λ噬菌体有极强的侵染能力,能在细菌中快速进行DNA复制,产生子代噬菌体,最终导致细菌破裂(称为溶菌状态);或者整合到细菌基因组中潜伏起来,不产生子代噬菌体(称为溶原状态).在转基因技术中常用λ噬菌体构建基因克隆载体,使其在受体细菌中大量扩增外源DNA,以备研究使用.相关操作如图所示,请回答.(1)组装噬菌体时,...
本文将介绍基因组组装过程中,如何利用HiC测序数据,进行染色体级别基因组的组装。该过程主要利用 Juicer[1] 和 3D-DNA[2] 进行,有关第一步Juicer的过程,已经下方的文章中介绍了,本文主要介绍第二步:3D-DNA的安装与使用。
#从Github拉取仓库gitclonehttps://github.com/theaidenlab/3d-dna.git 3. 实战 3.1. 数据准备 基因组文件:genome.fa Juicer结果:merged_nodups.txt 3.2. run # 对组装的信心高,用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了# -r 代表 3d-dna 修正的次数# merged_nodups.txt 在 上一步Juicer运行的aligned目录下...
3D-DNA流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完...
目前基因组组装的主要流程是,利用二代或者三代技术进行测序,利用得到的测序数据,拼接为contig级别的基因组,如果需要上升到染色体级别,那么就需要对物种进行HiC测序,进一步进行染色体挂载。目前对于二倍体动物,3D-DNA是效果最好的,下面就介绍3D-DNA的使用方法。
λ噬菌体有极强的侵染能力,并能在细菌中快速地进行DNA的复制,最终导致细菌破裂(称为溶菌状态),或者整合到细菌基因组中潜伏起来,不产生子代噬菌体(称为溶原状态)。在转基因技术中常用λ噬菌体构建基因克隆载体,使其在受体细菌中大量扩增外源DNA,进而构建基因文库。相关操作如下图,请分析回答相关问题: (1)组装噬菌...