主要用于二代测序短reads的组装,基于Kmer的连接 OLC:Overlap Layout Consensus 多用于三代长reads组装,基于比对的Overlap结果大于阈值连接。 二代测序数据组装流程 构建contig:将所有小片段打成K-mer构建deBruijn图,然后会根据给定的参数对de Bruijn图做一些化简,最后连接K-mer的路径即可得到contig序列。 构建scaffold:将...
1. DNA测序技术 第一代:sanger 第二代:高通量 illumina, 454测序,等 2.5代:lon torrent/proton 测序 第三代:pacbio 2.mate-pair(大长度) 文库的构建 ≥2k 片段→加接头→环化→打断→短片段→回收带标记的片段对较短的片段进行测序 3. 各测序平台特性 Illumina reads:49-300bp 错误率 1%左右,3‘端会高...
涉及主要技术:全基因组重测序(二代+三代)、Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq 1.高质量萝卜基因组的组装 k-mer分析表明,NAU-LB基因组是高度纯合的,杂合度为0.14%,适合于提高基因组组装的质量。通过PacBio RSII平台共生成了54.01 Gb的reads(N50长度为18.06 Kb),对514.57 Mb基因组的覆盖深度为104.96 x。然后,用Illum...
前面两篇文章De novo组装#01 | 测序数据质控(fasqc+fastp)|De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)我们利用二代数据做了基因组的survey,大致了解了该物种的基因组的大小,然后根据预算和目的制定相应的的三代测序策略(测序平台和测序深度),拿到三代测序数据后,用相应的组装软件对三代测序reads经...
第一种是最早期的方法,目前已被淘汰,第二种适用于一代测序产生长片段序列,可以称之为字符串图(string graph),第三种是目前二代测序组装基因组的工具的核心基础,也就是要继续介绍的de bruijn图。 示意图 de bruijn图由两部分组成,节点(Nodes)和边(Edges),节点由k-mers组成,节点之间要想形成边就需要是两个k...
① 需要从头组装；② 二代测序Reads太短，为了获得最大的contig或染色体，就可能需要加些三代测序数据；③ 组装好了之后就要注释，获得能看得懂的基因名称(Symbol)，并很清楚地了解其功能、掌握其序列；④ 这株菌肯定有其特殊之处 (特殊性状)，不然你关注不到它，也就是说，同一个物种，你很可能有另一些菌株看...
二代测序平台如Illumina、BGI,稳定可靠,数据质量高,成本低,读长短。 三代测序平台如PacBio、Nanopore,超长读长、无PCR扩增,错误率高,成本高。 现在物种的简单基因组基本已完成大多,纯二代组装已经没什么意义,复杂基因组或者高质量基因组基本都是三代测序为主。
2022年,《Nature communications》期刊发表的“Short- and long-read metagenomics expand individualized structural variations in gut microbiomes”研究论文中,通过建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法,表征了来自健康人类的数百个肠道微生物组中结构变异(SV)的精细遗传变异。研究表明长读长显著提高...
该研究建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法(图1a),检测出了更多包括插入突变、缺失突变和基因倒位在内的结构变异(structural variations, SVs)。同时,通过对100个人组成的健康人群横断面队列和由10个人组成的纵向跟踪队列的宏基因组学和代谢组学的联合分析,发现了SVs在不同个体间存在明显不同,但...
三代基因组测序组装策略 1. 二+三混合组装 由于PacBio目前成本依然较高,根据不同的三代测序深度制定不同的基因组组装策略,能够在得到高质量的动植物基因组情况下,保证成本可控。 a. 三代数据补洞 对二代基因组组装结果,加入低深度的PacBio数据(10...