① 需要从头组装；② 二代测序Reads太短，为了获得最大的contig或染色体，就可能需要加些三代测序数据；③ 组装好了之后就要注释，获得能看得懂的基因名称(Symbol)，并很清楚地了解其功能、掌握其序列；④ 这株菌肯定有其特殊之处 (特殊性状)，不然你关注不到它，也就是说，同一个物种，你很可能有另一些菌株看...
目前，这主要通过结合三代数据组装与二代数据进行校正来实现，有时还会将先前得到的contig进一步连接，以形成scaffold。这样，我们能够得到一个N50值远大于仅使用二代组装结果的基因组，这样的基因组就被称为“精细图”。但这里我们不禁要问，仅仅依靠组装软件，我们就能得到最佳结果吗？事实上，情况并非如此。在研究更...
作者通过WGS(二代+三代)和Hi-C技术,组装了赤豆品种”京农6号“高质量染色体水平的参考基因组,覆盖了97.8%的赤豆基因组,重叠群N50约为16 Mb,共有32,738个蛋白编码基因。之后,作者对包括野生和栽培在内的322份赤豆品种进行了WGRS,生成了赤豆基因组变异图谱。作者还进行了比较基因组学和关键农业性状的GWAS,以研究...
涉及主要技术:全基因组重测序(二代+三代)、Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq 1.高质量萝卜基因组的组装 k-mer分析表明,NAU-LB基因组是高度纯合的,杂合度为0.14%,适合于提高基因组组装的质量。通过PacBio RSII平台共生成了54.01 Gb的reads(N50长度为18.06 Kb),对514.57 Mb基因组的覆盖深度为104.96 x。然后,用Illum...
2022年,《Nature communications》期刊发表的“Short- and long-read metagenomics expand individualized structural variations in gut microbiomes”研究论文中,通过建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法,表征了来自健康人类的数百个肠道微生物组中结构变异(SV)的精细遗传变异。研究表明长读长显著提高...
它巧妙结合了二代测序中短读长（Illumina）的高准确性与三代测序中长读长（PacBio/Oxford Nanopore）的跨重复优势，特别适用于高重复、高杂合或复杂结构的微生物基因组组装。同时，它也是一款可以独立完成二代测序基因组组装、三代测序基因组组装以及二三代测序数据混合组装的优秀生信软件，下文着重介绍二三代测序数据...
第一代:sanger 第二代:高通量 illumina, 454测序,等 2.5代:lon torrent/proton 测序 第三代:pacbio 2.mate-pair(大长度) 文库的构建 ≥2k 片段→加接头→环化→打断→短片段→回收带标记的片段对较短的片段进行测序 3. 各测序平台特性 Illumina
主要用于二代测序短reads的组装,基于Kmer的连接 OLC:Overlap Layout Consensus 多用于三代长reads组装,基于比对的Overlap结果大于阈值连接。 二代测序数据组装流程 构建contig:将所有小片段打成K-mer构建deBruijn图,然后会根据给定的参数对de Bruijn图做一些化简,最后连接K-mer的路径即可得到contig序列。
② 二代测序Reads太短,为了获得最大的contig或染色体,就可能需要加些三代测序数据; ③ 组装好了之后就要注释,获得能看得懂的基因名称(Symbol),并很清楚地了解其功能、掌握其序列; ④ 这株菌肯定有其特殊之处 (特殊性状),不然你关注不到它,也就是说,同一个物种,你很可能有另一些菌株看起来非常普通,那么你就...
前面两篇文章De novo组装#01 | 测序数据质控(fasqc+fastp)|De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)我们利用二代数据做了基因组的survey,大致了解了该物种的基因组的大小,然后根据预算和目的制定相应的的三代测序策略(测序平台和测序深度),拿到三代测序数据后,用相应的组装软件对三代测序reads经...