基因组结构变异是多种肿瘤发生的重要驱动因素.虽然目前有基于核型分析,PCR免疫荧光和芯片杂交以及高通量测序等技术可用于基因组结构变异的检测,但由于技术的局限性,现今仍缺乏被广泛认可的基因组结构变异检测方法和相应的分析工具.在肿瘤样本中检测基因组结构变异更是面临严峻的挑战.近20年来,染色体构象捕获技术及其衍生的...
基因组结构变异是多种肿瘤发生的重要驱动因素.虽然目前有基于核型分析、PCR免疫荧光和芯片杂交以及高通量测序等技术可用于基因组结构变异的检测,但由于技术的局限...
研究表明,哺乳动物基因组三维层级结构单元由大到小依次为染色体疆域(chromosome territory, CT)、染色质区室(chromatin compartment A/B)、拓扑关联结构域(topological associated domain, TAD)和染色质环(chromatin loop),这些层级结构单元在基因转录和表达调控过程中发挥着重要作用。本文基于Hi-C技术从染色质的三维层级...
染色体的三维空间结构对细胞核内基因组的表达、调控和维持基因组稳定有重要作用。以染色体构象捕获技术为基础发展来的Hi-C技术,能够捕获全基因组范围的染色质交互作用信息,经数据处理形成二维的接触矩阵,用于构建染色体的三维结构。如何应用计算技术和生物信息技术预测染色体三维构象已成为三维基因组学研究的核心问题。目前...
19、根据二倍体基因组中的杂合变异,对于每一对hi-c读数,确定其是否包含变异位点: 20、将当前的hi-c读数分别映射到备选组装alternate assembly和主要组装primaryassembly上,分别识别杂合变异,并根据映射关系保留能够相互对应的杂合变异; 21、将hi-c读数比对到步骤s2得到的纯和区域和杂合区域上,每条hi-c读数只保留一...
先前的hi-c测序方法是从数百万个细胞中平均地确定染色体构造,单细胞hi-c技术则是将其转变为从单个细胞中确定染色体和基因组结构,并且具有检测单个细胞中数千个同步染色质相互作用的能力。一般而言,在用单细胞hi-c技术检测细胞的相互作用信息时,产生的相互作用图谱很稀疏,但是这些互作用数据提供了有用的信息,有助于...
基于Hi-C技术识别基因组结构变异及其在肿瘤研究中的应用 基因组结构变异是多种肿瘤发生的重要驱动因素.虽然目前有基于核型分析,PCR免疫荧光和芯片杂交以及高通量测序等技术可用于基因组结构变异的检测,但由于技术的局限性,现... 刘聪,张治华 - 《中国科学:生命科学》 被引量: 0发表: 2020年 农作物参考基因组的组...