图2 利用Hi-C宏基因组学揭示土壤-噬菌体-宿主相互作用。2、Hi-C宏基因组和宏转录组显示土壤干燥后溶原性增加通过模拟干旱草原土壤中经常发生的夏季干燥，比较了两周干燥培养前后的结果。结果表明，土壤噬菌体群落随着土壤干燥而发生变化。在干燥前和干燥后的土壤中，仅检测到18.0%的总vOTU（图2）。Hi–C宏基因...
通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中检测到的总噬菌体序列丰度的5.3%-15.0%。此外,从MAG中的CRISPR阵列中总共有124个CRISPR间隔序列与噬菌体匹配,产生121个独特的噬菌体-宿主连接。 图2 利用Hi-C宏基因组学揭示土壤-噬菌体-宿主相互作用。 2、Hi-C宏基因组和...
1、使用Hi-C宏基因组测序鉴定土壤微生物组中的感染 研究共获得479个vOTUs,都鉴定为噬菌体,近一半的vOTU无法分类,其余被分配到Caudoviticetes类。使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性(图2)。通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中...
1、使用Hi-C宏基因组测序鉴定土壤微生物组中的感染 研究共获得479个vOTUs,都鉴定为噬菌体,近一半的vOTU无法分类,其余被分配到Caudoviticetes类。使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性(图2)。通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中...
使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性(图2)。通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中检测到的总噬菌体序列丰度的5.3%-15.0%。此外,从MAG中的CRISPR阵列中总共有124个CRISPR间隔序列与噬菌体匹配,产生121个独特的噬菌体-宿主连接。
本方法提供了一套一体化的基于Hi‑C技术的微生物宏基因组自动化分析方法和系统，获取了高质量的宏基因组组装结果，实现了Hi‑C互作关系的识别，连接图的构建以及MAGs的聚类；获取了高质量的MAGs用于下游分析；解析了高质量MAGs的物种信息及和已有物种间的进化关系信息，然后通过prokka和七个数据库的功能注释，多...
接下来,作者利用 Hi-C 和宏基因组技术分析了天然宿主 - 质粒废水群落网络。正如模型所预测的那样,作者发现编码 AMR 的质粒可能对废水中的宿主具有积极的适应度影响,与非抗微生物耐药性质粒相比,它们与更多的细菌类群相互作用,并且在连接整个网络方面更加重要。本研究突出了抗生素在重组宿主质粒网络中的作用,即通过增加...
将Hi-C技术引入宏基因组能够重建高质量的宏基因组组装基因组(MAG),但很少有使用Hi-C技术研究病毒基因组。本文介绍了ViralCC工具,用于使用Hi-C数据恢复完整的病毒基因组并检测病毒-宿主对。 英文标题:ViralCC retrieves complete viral genomes and virus-host pairs from metagenomic Hi-C data ...
ViralCC还可以揭示微生物群落中病毒和病毒宿主配对的分类结构。当应用于真实的废水宏基因组Hi-C数据集时,ViralCC构建了噬菌体宿主网络,并使用CRISPR间隔分析进一步验证了该网络。 主要成果 1、ViralCC在模拟人体肠道数据集上优于其他分箱方法 在模拟人体肠道数据集上,将ViralCC与VAMB、CoCoNet、vRhyme、bin3C和Meta...
科技服务事业部文献解读.genomeTel:4008-986-980文献名称:bin3C:exploitingHi-Csequencingdatatoaccuratelyresolvemetagenomeassembledgenomes(利用Hi-C提升宏基因组组装)发表时间:2019.2发表期刊:GenomeBiology(13.214)可借鉴点:利用Hi-C技术开展宏基因组研究,可有效提高宏基因组组装的效果。摘要:由于大多数微生物的不可培养...