主要结果1、使用Hi-C宏基因组测序鉴定土壤微生物组中的感染 研究共获得479个vOTUs，都鉴定为噬菌体，近一半的vOTU无法分类，其余被分配到Caudoviticetes类。使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性（图2）。通过Hi-C宏基因组分析，有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬...
通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中检测到的总噬菌体序列丰度的5.3%-15.0%。此外,从MAG中的CRISPR阵列中总共有124个CRISPR间隔序列与噬菌体匹配,产生121个独特的噬菌体-宿主连接。 图2 利用Hi-C宏基因组学揭示土壤-噬菌体-宿主相互作用。 2、Hi-C宏基因组和...
1、使用Hi-C宏基因组测序鉴定土壤微生物组中的感染 研究共获得479个vOTUs,都鉴定为噬菌体,近一半的vOTU无法分类,其余被分配到Caudoviticetes类。使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性(图2)。通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中...
1、使用Hi-C宏基因组测序鉴定土壤微生物组中的感染 研究共获得479个vOTUs,都鉴定为噬菌体,近一半的vOTU无法分类,其余被分配到Caudoviticetes类。使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性(图2)。通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中...
本方法提供了一套一体化的基于Hi‑C技术的微生物宏基因组自动化分析方法和系统，获取了高质量的宏基因组组装结果，实现了Hi‑C互作关系的识别，连接图的构建以及MAGs的聚类；获取了高质量的MAGs用于下游分析；解析了高质量MAGs的物种信息及和已有物种间的进化关系信息，然后通过prokka和七个数据库的功能注释，多...
使用由三个主要分支组成的病毒树来可视化每个样本中vOTU的全基因组相似性(图2)。通过Hi-C宏基因组分析,有19个的噬菌鉴定到独特的细菌MAG宿主。宿主相关噬菌体占样品中检测到的总噬菌体序列丰度的5.3%-15.0%。此外,从MAG中的CRISPR阵列中总共有124个CRISPR间隔序列与噬菌体匹配,产生121个独特的噬菌体-宿主连接。
接下来,作者利用 Hi-C 和宏基因组技术分析了天然宿主 - 质粒废水群落网络。正如模型所预测的那样,作者发现编码 AMR 的质粒可能对废水中的宿主具有积极的适应度影响,与非抗微生物耐药性质粒相比,它们与更多的细菌类群相互作用,并且在连接整个网络方面更加重要。本研究突出了抗生素在重组宿主质粒网络中的作用,即通过增加...
简介 将Hi-C技术引入宏基因组能够重建高质量的宏基因组组装基因组(MAG),但很少有使用Hi-C技术研究病毒基因组。本文介绍了ViralCC工具,用于使用Hi-C数据恢复完整的病毒基因组并检测病毒-宿主对。 英文标题:Vir…
本文作者将Hi-C方法用于从宏基因组数据中检测病毒序列创建了ViralCC,首先通过模拟数据集与其它方法进行比较,再将其用于3个不同环境的真实宏基因组数据集中,均证实该方法具有优秀的检测率和性能。结合病毒的注释结果与互作结果,进一步证明该方法具有相当的可靠性。该方法也为土壤病毒群落的研究提供了新的选项,并且新增...
科技服务事业部文献解读.genomeTel:4008-986-980文献名称:bin3C:exploitingHi-Csequencingdatatoaccuratelyresolvemetagenomeassembledgenomes(利用Hi-C提升宏基因组组装)发表时间:2019.2发表期刊:GenomeBiology(13.214)可借鉴点:利用Hi-C技术开展宏基因组研究,可有效提高宏基因组组装的效果。摘要:由于大多数微生物的不可培养...