假设一个RNA-Seq样本中有100个reads映射到基因A,如果是FT RNA-Seq,目前尚不清楚有多少特异性的转录本分子产生了这100个reads。即使对转录本长度归一化处理,这种不确定性也依然存在。然而,在3'-DGE RNA-Seq中,这100个reads基本上对应于100个转录分子。 3'-DGE RNA-Seq最大的优势之一就是其数据分析复杂性大大...
RNA高通量测序（RNA-seq）是转录组测序技术的一种，可以对mRNA、smallRNA和NONcoding RNA等进行测序分析，反映出它们的表达水平。其应用范围包括检测所有mRNA表达量的差异、检测RNA的结构上的差异，以及基因单点突变导致的SNP等。
因此,对于一些融合事件、异构体,以及其它结构变异的检测能力得到提升。 本次推送为大家献上一份ICELL8 cx单细胞分选系统用户可以参考的《单细胞长读长测序建库方案》。 基于ICELL8 cx系统的SMART-Seq应用工作流程,将和Oxford Nanopore Technology(ONT)一起奉献一场精彩的表演。 在该建库方案中,以单细胞起始,通过IC...
☆ RNA-seq的生物信息分析 一、深度测序数据获取 和EBI、DDBJ组成INSDC,数据内容相同所以找NCBI就行。 (一)NCBI常用数据库 GenBank:遗传序列数据库,收集了所有公开的DNA序列及其注释 GEO (Gene Expression Omnibus) :收集整理各种表达芯片数据,后来加入了甲基化、lncRNA、miRNA、CNV等其他芯片,还有高通量测序数据。文...
高准确性：高通量测序技术采用了多种技术手段来提高测序的准确性，例如通过引入纠错编码、使用高质量的数据分析软件等。这使得高通量测序技术在基因组学、转录组学等领域得到了广泛应用。灵活性：高通量测序技术可以应用于多种不同类型的样本和实验设计，例如全基因组测序、外显子测序、RNA-seq等。此外，该技术还可以...
根内生真菌与多种陆生植物建立互利关系,如Piriformospora indica(梨形孢菌,P. indica ),作用于缓解作物的盐胁迫,并通过促进生长、抗病性和抗逆性使寄主植物受益。 观察到从耐盐菌中分离的特定基因的异源表达,例如Debaryomyces hansenii 和 Aspergillus glaucus 显着提高了酿酒酵母、拟南芥和烟草的耐盐性。 研究表明,P...
RNA-Seq简介 举个例子,现在我们有一群正常的神经细胞,一群突变的神经细胞,突变细胞的行为与正常细胞不同。我们想知道是什么遗传机制造成了这种差异,这意味着我们想要观察基因表达的差异。每一个细胞有一堆染色体(chromosomes),每一个染色体上有一堆基因,有一些基因是活跃的,有的是不活跃的,高通量测序告诉我们哪些基...
《高通量RNA-Seq测序数据的基因表达水平建模研究》是依托南京航空航天大学，由刘学军担任项目负责人的面上项目。项目摘要 高通量RNA-Seq测序技术近年来大量应用于基因表达水平（GEL）的测量，GEL计算的准确性对后续分析正确得出生物学结论具有至关重要的作用，但该技术中各种系统噪声的存在为GEL的计算带来了挑战。现有方法...
近日,浙江大学郭国骥、梁廷波等研究人员在权威期刊Advanced Science上发表了题为“Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq”的研究论文,本研究中,研究人员开发了一种高通量、高灵敏度的方法snHH-seq,该方法将随机引物与液滴微流控平台的预索引策略相结合。这种创新的方法允许从临床冷冻样品中...