RNA高通量测序（RNA-seq）是转录组测序技术的一种，可以对mRNA、smallRNA和NONcoding RNA等进行测序分析，反映出它们的表达水平。其应用范围包括检测所有mRNA表达量的差异、检测RNA的结构上的差异，以及基因单点突变导致的SNP等。
单细胞RNA测序用于研究肿瘤生态系统的异质性。 近日,浙江大学郭国骥、梁廷波等研究人员在权威期刊《Advanced Science》上发表了题为“Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq”的研究论文,本研究中,研究人员开发了一种高通量、高灵敏度的方法snHH-seq,该方法将随机引物与液滴微流控平台的预索...
在进行大规模高通量RNA测序(RNAseq), 采用了一种计算方法, 计算方法集成在JXJY_RECOUNT中。在智能算法中,集成了一个由750000多个公开可用的人类和小鼠RNA测序(RNA seq)样本组成的资源数据库。 这些样本采用统一的单轨分析管道统一处理。为了便于在分析过程中访问和使用数据,佳学基因提供了JIAXUE_RCOUNT3和JIAXUEQUICK...
RNA-Seq简介 举个例子,现在我们有一群正常的神经细胞,一群突变的神经细胞,突变细胞的行为与正常细胞不同。我们想知道是什么遗传机制造成了这种差异,这意味着我们想要观察基因表达的差异。每一个细胞有一堆染色体(chromosomes),每一个染色体上有一堆基因,有一些基因是活跃的,有的是不活跃的,高通量测序告诉我们哪些基...
这使得高通量测序技术在基因组学、转录组学等领域得到了广泛应用。灵活性：高通量测序技术可以应用于多种不同类型的样本和实验设计，例如全基因组测序、外显子测序、RNA-seq等。此外，该技术还可以与多种其他分子生物学技术相结合，如ChIP-seq、甲基化测序等，从而进一步扩展了其应用范围。
长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例...
案例一虽然RNAseq早已被大家所熟知,特别是在高通量测序越来越便宜的今天,但是 RNAseq数据的分析仍令多数小菜抓狂。多个软件的使用,参数设置,参考基因组准备, 输出结果的解读等等,都让很多初次接触测序数据或者非生物信息专业的人头疼不已
RNA-Seq技术广泛应用于研究基因表达谱的变化,可以大规模地测定细胞或组织中各种RNA转录本的相对表达量,进而探究基因表达调控策略、疾病进展机制和药物治疗反应等。例如,在研究肺癌和乳腺癌中,使用RNA-Seq技术可以检测出多种剪接异构体的表达情况,并通过群体谱聚类分析来鉴定新的癌症亚型。 基因结构和功能研究 RNA-Seq技...
图1. RNA-seq常规分析流程 叨叨完毕,进入正题。 进入尔云后,打开“测序数据处理”模块,我们会看到图2的结果。在这一模块,我们可以完成RNA-seq数据分析的前两步:1、数据质控和过滤低质量数据;2、基因组组装,计算基因表达量。对于上面两部,尔云又根据是双端测序还是单端测序,分了两块。以edgeR为例,输出的DEGs.tx...