RNA高通量测序（RNA-seq）是转录组测序技术的一种，可以对mRNA、smallRNA和NONcoding RNA等进行测序分析，反映出它们的表达水平。其应用范围包括检测所有mRNA表达量的差异、检测RNA的结构上的差异，以及基因单点突变导致的SNP等。
这使得高通量测序技术在基因组学、转录组学等领域得到了广泛应用。灵活性：高通量测序技术可以应用于多种不同类型的样本和实验设计，例如全基因组测序、外显子测序、RNA-seq等。此外，该技术还可以与多种其他分子生物学技术相结合，如ChIP-seq、甲基化测序等，从而进一步扩展了其应用范围。
第一步:分离RNA 第二步:将RNA打断成小片段 我们这样做是因为RNA转录本可以有数千个碱基长,但测序机只能对较短的片段(200-300 bp)进行测序。 第三步:将RNA片段转化为双链DNA。 双链DNA比RNA更稳定,易于扩增和修饰(modified)。 第四步:添加测序接头(adaptors)。 接头做两件事: 允许测序仪识别片段。 允许你...
《高通量RNA-Seq测序数据的基因表达水平建模研究》是依托南京航空航天大学，由刘学军担任项目负责人的面上项目。项目摘要 高通量RNA-Seq测序技术近年来大量应用于基因表达水平（GEL）的测量，GEL计算的准确性对后续分析正确得出生物学结论具有至关重要的作用，但该技术中各种系统噪声的存在为GEL的计算带来了挑战。现有方法...
图1. RNA-seq常规分析流程 叨叨完毕,进入正题。 进入尔云后,打开“测序数据处理”模块,我们会看到图2的结果。在这一模块,我们可以完成RNA-seq数据分析的前两步:1、数据质控和过滤低质量数据;2、基因组组装,计算基因表达量。对于上面两部,尔云又根据是双端测序还是单端测序,分了两块。以edgeR为例,输出的DEGs.tx...
导读:肿瘤异质性及其驱动因素影响肿瘤进展和癌症治疗。单细胞RNA测序用于研究肿瘤生态系统的异质性。 近日,浙江大学郭国骥、梁廷波等研究人员在权威期刊《Advanced Science》上发表了题为“Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq”的研究论文,本研究中,研究人员开发了一种高通量、高灵敏度的方法...
现在,想象一下我们可以在没有任何技术变异的情况下进行RNA-seq。现在我们对一些老鼠的gene X进行测序,得到X的reads。下图中,由于没有技术重复,所以样本1和样本2的gene X reads差异来自于生物的变异。 image-20210107122001211.png 我们测序了地球上所有老鼠的gene X,并得到reads,并用希腊字母μ表示所有gene Xreads的...
高通量单细胞RNA测序是可对组织细胞群中单一细胞的全基因组或转录组进行测序、分别获取单个细胞遗传信息的技术。该技术能够在单个试验中快速分析数千甚至数百万个单细胞,揭开个体细胞运作的精准机制、细胞群体差异以及细胞进化关系,对针对性的疾病或肿瘤研究等具有深刻意义。
转录组测序RNA-Seq是基于二代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集,然后反转录为 cDNA后进行的高通量测序,在此基础上进行片段的拼接组装,从而可得到一个个的转录本,进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行...