转录组测序的分析流程 转录组测序分析流程:质量控制→数据预处理→比对参考基因组→构建表达量矩阵→差异表达分析→功能富集与路径分析→结果可视化与解读。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
转录组测序(bulk RNA-Seq)分析主要包括上游数据处理,下游数据分析。 上游数据处理是指将测得的原始的reads变成基因表达矩阵。 下游数据分析是指对表达矩阵根据生物学问题和意义进行可视化分析。 一 上游数据处理 1.质量控制:对原始测序数据进行质量评估,检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等,确保数据的准确性和...
但是对于全长转录本而言,转录本长度很长,比如转录本长度1kb, 读长3kb, 此时在一个零模波导孔(ZMW)中测序的reads 就不可能达到2个full pass , 也就产生不了CCS reads, 为了解决这个问题,提高reads的利用率,提出了ROI 的概念,ROI 指的就是插入片段,图4测序reads 产生的ROI 如图5:...
转录组分析流程 将下机数据进行过滤得到 Clean Data，与指定的参考基因组进行序列比对，得到的 Mapped Data，进行插入片段的长度检验、随机性检验等文库质量评估;进行可变剪接分析、新基因发掘和基因结构优化等结构水平分析;根据基因在不同样品或不同样品组中的表达量进行差异表达分析、差异表达基因功能注释和功能富集等表...
带大家快速掌握精通GEO组学数据全流程分析,我录制了GEO数据分析全部流程的系统讲解视频,每个模块里也都有对应的教学视频和演示数据集。 每个模块都不需要编程,零基础朋友也可参考我每个模块内部的教学视频在软件的每个模块填写相应的分析参数,来分析自己的数据,点击执
Space Ranger分析流程 这个是基于CytAssist仪器实验和分析的一个流程,图中主要标出了一些输入文件,包括图片,测序数据,和一些参考基因组信息等等,下面我们来依次介绍: 图5 首先是输入的信息: 1.Fastq文件,就是测序的原始数据; 2.图片文件,TIFF, QPTIFF or JPEG格式的文件; ...
视频是之前刚学单细胞录的第一个视频,整理了个PPT讲得不是很流畅但是讲得很细(每一行代码包括参数做啥用都讲了),适合单细胞初学者观看视频中代码有点乱,现在是强烈推荐用最新整理好的单细胞合集1.1的代码(附视频):BV1QQ4y1t7gf, 视频播放量 22215、弹幕量 30、点赞
通过isoseq collapse和pigeon,我们最终能得到带有基因注释的表达矩阵,后续基因的差异分析,差异基因的KEGG注释等都和二代RNA-seq类似了。 Isoseq数据分析第一部分我们最后使用了isoseq cluster获得了聚类后高质量的转录本,但是我们仍然不知道这些经过聚类的转录本在基因组的位置以及属于哪些基因?这些转录本是已经注释的还是...
转录组测序数据分析流程主要包含几个关键步骤：首先进行原始数据质量控制，确保数据可靠性；其次执行序列比对，将测序结果与参考基因组或转录组进行匹配；接下来计算每个基因的表达量，一般采用转录本定量方法；随后进行差异表达分析，识别在不同条件下变化的基因；最后，进行功能注释和富集分析，帮助理解生物功能...
二、普通转录组的基本流程 构建文库,连接好带接头的cDNA,接头自身并不配对,用途是与flowcell上的接头结合,起着固定的作用。barcode也就是index,起到识别的作用,这样可以多个样本一同上机测序。 基于可逆终止的、荧光标记dNTP,边合成边测序。 三、得到fastq文件 ...