空间转录组测序:将组织切片与转录组测序结合,实现空间信息和转录本信息的获取,是一种以空间的维度分析和描述特定细胞类型的表达谱,来了解器官、组织和病理状态之间的表达差异的技术 。相比于单细胞转录组,它…
转录组测序的分析流程⼤致可以分成三类,包括基因组⽐对( Genome mapping )、转录组⽐对(Transcriptome mapping)、转录组 组装(Reference-free assembly)有⼤⽜写的很好: 原始数据⼀般下载得到的是Fastq⽂件格式: 每⼀条序列(read)包含四⾏,第⼀⾏是read的ID,第⼆⾏是序列,第四⾏是序列中...
释放组织mrna与芯片上的捕获序列结合,逆转录合成cdna片段并标记空间位置,pcr扩增合成cdna二链,通过碱性环境使cdna变性将cdna二链释放到液体游离环境,以cdna二链为模板进一步扩增合成大量cdna,将cdna酶切打断成200-300bp的片段,加上p5接头、i5样本索引、read2、i7样本索引和p7接头构建标准测序文库;...
打开loupe软件,点击箭头所指的开始空间图片的校准这个选项。 图9 然后进入到左图的这个界面,选择CytAssist 的图片校准,然后进入校准流程的一个展示界面,一共分为4步,点击got it 进入第一步。 Step 1. Upload image 图10 第一步上传图片,左边的表格显示的是对图片的像素和格式的要求;右边就是上传图片...
下面介绍一下Space Ranger分析流程,主要针对于CytAssist仪器的相关实验。 图3 Space Ranger是10x 公司为空间转录分析量身打造的一款数据分析软件,一般会用它来完成上游的分析步骤。它可以为下游的seurat包提供整合之后的数据。 Space Ranger主要用来处理Visium空间基因表达数据与明场和荧光显微镜图像,将测序数据和图片作为输...
下面介绍一下Space Ranger分析流程,主要针对于CytAssist仪器的相关实验。 图3 Space Ranger是10x 公司为空间转录分析量身打造的一款数据分析软件,一般会用它来完成上游的分析步骤。它可以为下游的seurat包提供整合之后的数据。Space Ranger主要用来处理Visium空间基因表达数据与明场和荧光显微镜图像,将测序数据和图片作为输入...
下面介绍一下Space Ranger分析流程,主要针对于CytAssist仪器的相关实验。 图3 Space Ranger是10x 公司为空间转录分析量身打造的一款数据分析软件,一般会用它来完成上游的分析步骤。它可以为下游的seurat包提供整合之后的数据。 Space Ranger主要用来处理Visium空间基因表达数据与明场和荧光显微镜图像,将测序数据和图片作为输...
Space Ranger是10x 公司为空间转录分析量身打造的一款数据分析软件,一般会用它来完成上游的分析步骤。它可以为下游的seurat包提供整合之后的数据。Space Ranger主要用来处理Visium空间基因表达数据与明场和荧光显微镜图像,将测序数据和图片作为输入的数据,输出表达定量矩阵。结合配套的loupe软件,做一些降维,聚类结果的可视化。
从而简化Visium工作流程，让您能够从整张组织切片中获得全转录组空间分析数据，且兼容性扩大到FFPE或新鲜...