对青春期不同阶段相关细胞组成的鉴定和不同细胞间独特的转录特征的表征，有利于特定神经元的分离和对其功能的进一步了解。因此这篇文章利用10× Genomics Visium平台，对雌性SD大鼠出生后25、35、45天的下丘脑进行空间转录组测序，构建弓状核（ARC）基因表达的动态空间图谱。通过比较不同的下丘脑细胞群，揭示了Kiss1+...
本研究通过结合单细胞核测序与空间转录组测序技术,研究与社会压力相关的抑郁行为的雌性食蟹猕猴的背外侧前额叶皮层的细胞和分子变化。单细胞数据发现与抑郁行为相关的基因表达变化主要发生在小胶质细胞中,并鉴定了促炎症性小胶质细胞亚群显著富集。通过空间转录组技术鉴定了与抑郁行为相关的富集基因模块的空间定位。该研究...
比如,单细胞技术就有:单细胞转录组、单细胞免疫组库、单细胞表观组(单细胞ATAC-seq)、单细胞基因组(单细胞DNA测序等)、单细胞蛋白组(表面蛋白Total-seq测序等)。而在空间技术运用方面也有很多不同的方法以及不同的运用,10x Visumn算是大家听到最多的技术了,此外还有Digital Spatial Profiler(DSP)、Geo-seq、 To...
接下来，作者通过对动物模型的移植瘤进行病理表征实验，以及通过单细胞测序和空间转录组测序分析，进一步证实OncoViron使得被感染肿瘤细胞基因表达谱发生巨大转变，OncoViron不仅招募大量淋巴细胞、NK细胞核单核巨噬细胞进入肿瘤微环境（Tumor microenvironment, TME），激活免疫细胞，尤其是T细胞的激活，而且诱导巨噬细胞向M1...
其中,Cell、Nature、Science也不乏空间转录组+单细胞的身影,54+Nature子刊,40+Cell,13+可复制生信高分模板…… 如果说单细胞的福利是在前两年,那么当下的福利就理所应到的在空间转录组身上。buff叠起来,文章发起来! 2 PRAT 单细胞测序工具书3.0 为...
方法：高通量单细胞转录组测序联合空间转录组测序 研究背景 肝细胞癌（HCC）是一种高死亡率的原发性肝癌。它是一种全球范围最常见的恶性肿瘤。目前其诊断和治疗已取得了一定进展，但总体临床效果仍然很差。HCC 在基因组、分子和组织学水平上具有高度异质性，肝细胞癌中的MTM亚型和包裹肿瘤簇的血管 （VETC） 模式...
空间转录组测序分析显示,R300 治疗的 I/R 小鼠的肾脏中 Pf4、Tgfb1、Acta2 和巨噬细胞特征显著下调。有意思的是,虽然接受 I/R 的肾脏显示出 Pf4 与巨噬细胞特征的 mRNA 共定位增强,但在 R300 治疗组肾脏中明显没有这种现象。与 R300 治疗组相比,IgG 治疗组的多个与巨噬细胞、纤维化和血小板相关的基因上调...
方法:10× Genomics scRNA-seq(欧易生物单细胞转录组测序)、10×Genomics visium(欧易生物空间转录组测序) 研究背景和研究目的 溶瘤病毒(Oncolytic virus, OV)是一类具有复制能力的肿瘤杀伤型病毒,能选择性感染肿瘤细胞,在肿瘤细胞内大量复制并最终摧毁肿瘤细胞,同时激发免疫反应,吸引更多的免疫细胞继续杀死残余的肿瘤细...
单细胞蛋白质组测序是一种通过测定单个细胞的蛋白质来分析其蛋白质组的方法。该技术可以对细胞的蛋白质表达进行分析,从而揭示不同细胞类型之间的差异和相似性,并且可以研究细胞的发育和病理生理学。 二、空间转录组技术 空间转录组技术是一种通过对组织中的基因表达进行空间定位的方法。与单细胞测序技术不同,空间转录...
一、单细胞测序联合空间转录组测序一般流程 图片来自参考文献1 二、单细胞测序联合空间转录组整合方法 鉴于空间转录组学方法还不能在组织中产生深层单细胞分辨率的转录组图谱,能够成功整合单细胞和空间转录组数据的分析将有助于理解细胞类型分布的结构以及构成这种结构的细胞间通讯的假定机制。整合scRNA-seq和空间转录组数...