作者确定了在缺血性中风中抑制小胶质细胞/巨噬细胞或星形胶质细胞的吞噬功能可以改善神经行为结果，减轻脑损伤。在出血性中风中，抑制小胶质细胞/巨噬细胞的吞噬功能，可以改善神经行为结果，而抑制星形胶质细胞却没有这种作用。通过单细胞RNA测序揭示了不同卒中模型星形胶质细胞吞噬功能的差异性。单细胞测序揭示阿尔兹海默...
单核细胞和巨噬细胞上调肿瘤特异性来源的转录程序,其特征是可以放大炎症(pM02中的MMP12和MMP9),招募髓系细胞(PM10中的趋化因子CCL2和CCL7),刺激生长(pM14中的生长因子VEGFA和Ereg),以及消炎(APOEin PM06)。MMRd肿瘤的髓样细胞具有较高的糖酵解基因(PM03)、免疫激活因子(如S100A8/9/12)(PM16)和趋化因子...
单细胞测序是指在考察不同细胞之间基因表达差异时,对每一个细胞进行独立的转录组测序。由于每个细胞的基因表达情况可能略有不同,因此单细胞测序能够展现基于细胞个体的高度个性特征。经过单细胞测序后,我们可以获得不同的基因表达图谱,并且精确地解析细胞类型、功能、特征以及细胞生命周期等方面的信息。 目前,单细胞测序...
在单细胞测序中,涉及到的一项重要技术就是空间转录组。 空间转录组(spatial transcriptomics)是一种能够在组织切片上对转录本进行定位的技术。它可以揭示细胞在组织中的定位信息,从而帮助我们了解细胞在特定环境中的功能和相互作用。传统的测序方法只能提供整体组织中基因的平均表达信息,而空间转录组技术则可以让我们看到...
方法：10× Genomics scRNA-seq(欧易生物单细胞转录组测序)、10×Genomics visium(欧易生物空间转录组测序)研究背景和研究目的 溶瘤病毒（Oncolytic virus, OV）是一类具有复制能力的肿瘤杀伤型病毒，能选择性感染肿瘤细胞，在肿瘤细胞内大量复制并最终摧毁肿瘤细胞，同时激发免疫反应，吸引更多的免疫细胞继续杀死残余的...
研究者将C57BL/6小鼠暴露于不同剂量的TCS 2周,随后对TCS或模拟处理的小鼠肝脏进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)。从差异基因表达、转录因子(TF)调控网络、拟时序轨迹、细胞通讯等不同方面分析获得的单细胞转录组数据。并采用Western blotting、免疫荧光、Masson’s三色染色和天狼星红染色检测关键纤维化蛋白的表达水平。此...
其中,Cell、Nature、Science也不乏空间转录组+单细胞的身影,54+Nature子刊,40+Cell,13+可复制生信高分模板…… 如果说单细胞的福利是在前两年,那么当下的福利就理所应到的在空间转录组身上。buff叠起来,文章发起来! 2 PRAT 单细胞测序工...
总的来说,单细胞空间转录组分析就是使用带有空间Barcode的探针对切片进行测序,联合ScRNA-seq可以实现将高分辨率单细胞数据得到的细胞亚群映射到空间上来,进而推断不同亚群的功能、分化关系等。 单细胞空间转录组是继细胞通讯、CNV推断、轨迹分析外经常使用的单细胞下游分析...
研究通过多色免疫组化和生物信息学分析揭示了成纤维细胞和血管内皮细胞的空间共定位,成纤维细胞可以促进血管生成,形成成纤维血管的微环境并参与肿瘤早期转移。研究利用单细胞RNA测序技术解析了肿瘤细胞和微环境细胞之间的复杂相互作用网络,比较了有无淋巴结转移患者之间的差异。文章综合运用单细胞测序、空间转录组学和动物...
观察到的血小板和 AKI 之间的关联的驱动,因此研究人员决定利用空间和单细胞转录组全面探索 I/R 作用下肾脏的分子改变。通过对损伤肾脏的空间转录组学分析发现在 I/R 处理的小鼠肾脏中,炎症标记物 Lcn2、血小板活化 marker Pf4、促纤维化 marker Tgfb1 和 Acta2 的表达升高。随后,单细胞转录组测序发现,在AKI诱导...