在前面的《单细胞转录组与TCR/BCR测序数据关联分析思路》和《单细胞转录组与单细胞ATAC测序数据关联分析思路》文章中,我们介绍了单细胞多组学的分析思路与方法,这些技术需要将细胞从组织中分离出来,从而丢失了细胞空间位置和相互作用的信息。近年来新兴的空间转录组技术能够还原组织形态和细胞空间位置信息,但其分辨率通常...
单核细胞和巨噬细胞上调肿瘤特异性来源的转录程序,其特征是可以放大炎症(pM02中的MMP12和MMP9),招募髓系细胞(PM10中的趋化因子CCL2和CCL7),刺激生长(pM14中的生长因子VEGFA和Ereg),以及消炎(APOEin PM06)。MMRd肿瘤的髓样细胞具有较高的糖酵解基因(PM03)、免疫激活因子(如S100A8/9/12)(PM16)和趋化因子...
组织器官是由众多细胞类型组成,这些类型的细胞大小形态、基因表达、空间位置都各不相同,但相互之间时刻都进行着紧密的细胞通讯,且与发挥的功能密不可分。单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)的出现,使我们可以精准的识别每种细胞亚型、每个细胞的基因表达情况,但是缺少空间位置信息。而空间转录组测序技术(ST RNA-seq)可以...
在单细胞测序中,涉及到的一项重要技术就是空间转录组。 空间转录组(spatial transcriptomics)是一种能够在组织切片上对转录本进行定位的技术。它可以揭示细胞在组织中的定位信息,从而帮助我们了解细胞在特定环境中的功能和相互作用。传统的测序方法只能提供整体组织中基因的平均表达信息,而空间转录组技术则可以让我们看到...
单细胞测序是指在考察不同细胞之间基因表达差异时,对每一个细胞进行独立的转录组测序。由于每个细胞的基因表达情况可能略有不同,因此单细胞测序能够展现基于细胞个体的高度个性特征。经过单细胞测序后,我们可以获得不同的基因表达图谱,并且精确地解析细胞类型、功能、特征以及细胞生命周期等方面的信息。 目前,单细胞测序...
在肿瘤领域,单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学都具有重要的应用,为研究肿瘤的发生、发展和治疗提供了更深入的理解。综合使用这两项技术有助于深入理解肿瘤的分子特征、细胞亚群的动态变化、免疫反应以及药物在肿瘤组织中的作用。馆长在Nature Communications上发现一篇好文。首先文章的选题新颖,关注肢端黑色素瘤这...
本研究从基因表达综合数据库（GSE149614、GSE151530和GSE156625）中获得单细胞RNA测序的公共数据集。通过整合分析52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据。并应用多种方法研究HCC肿瘤细胞的亚型，通过分析不同亚型肿瘤细胞的功能特征、临床意义和微环境关联，此外还分析了亚型与成纤维细胞的相互作用。研究结果 1、...
总的来说,单细胞空间转录组分析就是使用带有空间Barcode的探针对切片进行测序,联合ScRNA-seq可以实现将高分辨率单细胞数据得到的细胞亚群映射到空间上来,进而推断不同亚群的功能、分化关系等。 单细胞空间转录组是继细胞通讯、CNV推断、轨迹分析外经常使用的单细胞下游分析...
单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)的出现,使我们可以精准的识别每种细胞亚型、每个细胞的基因表达情况,但是缺少空间位置信息。而空间转录组测序技术(ST RNA-seq)可以同时提供空间位置信息和基因表达信息,但目前的检测精准度还达不到单细胞水平。 于是衍生出一个热门的研究方向:单细胞与空间转录组联合分析,实现“1+1>...