在之前的《空间转录组与单细胞转录组关联研究,轻松发表顶级期刊》文章中已介绍过整合单细胞转录组和空间转录组数据的两种主要方法和原理[1]:去卷积(Deconvolution)和映射(Mapping),其本质就是利用单细胞转录组得到的单细胞图谱和空间转录组得到的空间图谱进行整合进而得到空间单细胞图谱的过程,下面主要介绍后续的分析思路...
单细胞蛋白质组测序是一种通过测定单个细胞的蛋白质来分析其蛋白质组的方法。该技术可以对细胞的蛋白质表达进行分析,从而揭示不同细胞类型之间的差异和相似性,并且可以研究细胞的发育和病理生理学。 二、空间转录组技术 空间转录组技术是一种通过对组织中的基因表达进行空间定位的方法。与单细胞测序技术不同,空间转录...
单细胞测序与空间转录组 单细胞测序技术自2013年被Nature Methods评为年度技术以来,已经过去十年,单纯的单细胞测序技术已经广泛运用于科研领域。然而只有单细胞测序分析流程不能满足新的科研潮流,只有将单细胞测序技术联合其他技术才能达到更高的科研需求。而单细胞测序技术联合空间转录组技术是一个很好的新科研方向。 组织...
子宫内膜-肌层连接处(EMJ)是连接子宫内膜和子宫肌层的纽带,对子宫腺肌病的诊断和分型具有重要意义,本研究使用单细胞RNA测序和空间图谱,绘制了在位内膜、病变和EMJ之间的转录变化图谱。在病变内,确定了独特的上皮亚群(LGR5+)、侵袭性间质(PKIB+)亚群以及WFDC1+祖细胞。此外,还观察到内皮细胞的异质性和涉及血管...
首先，我们将进行常规的空间转录组学分群，并结合公共数据库中获取的单细胞测序数据进行详细注释。人为分区与SMC分区准确性的对比研究 在本次实验中，我们进行了两种不同类型的分区方法，一种是病理专家基于HE染色进行的人为分区，另一种则是基于sc-RNA-seq数据的SMC自动分区。为了评估这两种分区的准确性，我们进行了...
空间转录组测序简介:空间转录组测序(spatial transcriptomics)是从空间层面上解析单个组织切片中的所有mRNA信息,从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达,同时获得细胞的空间位置信息和基因表达数据。 空间转录组测序意义:在单细胞测序过程中,样本细胞被打散,经组织解离以及通过微流控体系时,细胞损失较大,且...
单细胞测序及空间转录组课题设计与数据分析网络培训 时间:2022年8月27-28日参会方式:腾讯会议 【会议背景】 单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现...
子宫内膜-肌层连接处(EMJ)是连接子宫内膜和子宫肌层的纽带,对子宫腺肌病的诊断和分型具有重要意义,本研究使用单细胞RNA测序和空间图谱,绘制了在位内膜、病变和EMJ之间的转录变化图谱。在病变内,确定了独特的上皮亚群(LGR5+)、侵袭性间质(PKIB+)亚群以及WFDC1+祖细胞。此外,还观察到内皮细胞的异质性和涉及血管...
最近,有研究通过scRNA-Seq结合CyTOF对CD45+单细胞进行了全面的表型和功能研究。然后,通过多模态交集分析,将scRNA-Seq获得的免疫观点与空间转录组(ST)的结果整合,揭示了IC患者膀胱的免疫景观。该研究发表在《Signal Transduction and Targeted Therapy》,IF:38.104。
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