对青春期不同阶段相关细胞组成的鉴定和不同细胞间独特的转录特征的表征，有利于特定神经元的分离和对其功能的进一步了解。因此这篇文章利用10× Genomics Visium平台，对雌性SD大鼠出生后25、35、45天的下丘脑进行空间转录组测序，构建弓状核（ARC）基因表达的动态空间图谱。通过比较不同的下丘脑细胞群，揭示了Kiss1+...
本研究利用单细胞和空间转录组技术,揭示了血小板在肾损伤修复中的不利影响。研究发现,耗竭血小板可以加速损伤的恢复并显著减少纤维化。研究进一步识别了巨噬细胞作为血小板信号调节的主要介质,并发现了一种新型的巨噬细胞亚型--“增殖性 M2 巨噬细胞”,该巨噬细胞受到 THBS1 信号的调节,具有促进纤维化的特性。通过基...
本研究从基因表达综合数据库（GSE149614、GSE151530和GSE156625）中获得单细胞RNA测序的公共数据集。通过整合分析52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据。并应用多种方法研究HCC肿瘤细胞的亚型，通过分析不同亚型肿瘤细胞的功能特征、临床意义和微环境关联，此外还分析了亚型与成纤维细胞的相互作用。研究结果 1、HC...
在之前的《空间转录组与单细胞转录组关联研究,轻松发表顶级期刊》文章中已介绍过整合单细胞转录组和空间转录组数据的两种主要方法和原理[1]:去卷积(Deconvolution)和映射(Mapping),其本质就是利用单细胞转录组得到的单细胞图谱和空间转录组得到的空间图谱进行整合进而得到空间单细胞图谱的过程,下面主要介绍后续的分析思路...
图3 缺血半球基因表达的空间特征 2 10x单细胞转录组测序揭示梗死周围区域的单细胞空间结构和细胞通讯特征 通过scRNA-seq分析,研究人员分别从10只接受PT手术的小鼠和10只接受假手术的小鼠的两个单细胞池中生成了9799个单细胞转录谱,并标记注释了12种主要细胞类型,发现小胶质细胞、巨噬细胞和单核细胞优先分布在 PIA_...
单细胞蛋白质组测序是一种通过测定单个细胞的蛋白质来分析其蛋白质组的方法。该技术可以对细胞的蛋白质表达进行分析,从而揭示不同细胞类型之间的差异和相似性,并且可以研究细胞的发育和病理生理学。 二、空间转录组技术 空间转录组技术是一种通过对组织中的基因表达进行空间定位的方法。与单细胞测序技术不同,空间转录...
首先,团队对6例颅咽管瘤组织样品进行单细胞测序(包括4例釉质型颅咽管瘤及2例鳞状乳头型颅咽管瘤),以及1例釉质型颅咽管瘤进行空间转录组测序。检测发现肿瘤样本中异质性高,肿瘤组织中上皮细胞成分复杂。在肿瘤细胞方面,釉质型肿瘤样本...
PART 01Bulk RNA-Seq与单细胞/空间转录组 普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平,用来比较不同个体或同一个体的不同组织间的表达差异,但对内部细胞异质性较强的系统,如肿瘤组织,很多异常细胞的基因表达的信息会丢失,但是成本较低,技...
目前,单细胞测序已经广泛应用于人类疾病的早期诊断、疗效评估、药物筛选以及基因修饰等研究。例如,可以通过单细胞测序技术来检测癌细胞的来源、发生途径、转移病理等重要信息,从而实现了肿瘤精准治疗的目标。 二、空间转录组 空间转录组是指将体片(tissue)或器官(organ)分离成单元组织,对细胞的位置和互相关系进行建模和...
在单细胞测序中,涉及到的一项重要技术就是空间转录组。 空间转录组(spatial transcriptomics)是一种能够在组织切片上对转录本进行定位的技术。它可以揭示细胞在组织中的定位信息,从而帮助我们了解细胞在特定环境中的功能和相互作用。传统的测序方法只能提供整体组织中基因的平均表达信息,而空间转录组技术则可以让我们看到...