在之前的《空间转录组与单细胞转录组关联研究,轻松发表顶级期刊》文章中已介绍过整合单细胞转录组和空间转录组数据的两种主要方法和原理[1]:去卷积(Deconvolution)和映射(Mapping),其本质就是利用单细胞转录组得到的单细胞图谱和空间转录组得到的空间图谱进行整合进而得到空间单细胞图谱的过程,下面主要介绍后续的分析思路...
Figure2B-2C:肿瘤内单核/巨噬细胞明显扩张。单核细胞和巨噬细胞上调肿瘤特异性来源的转录程序,其特征是可以放大炎症(pM02中的MMP12和MMP9),招募髓系细胞(PM10中的趋化因子CCL2和CCL7),刺激生长(pM14中的生长因子VEGFA和Ereg),以及消炎(APOEin PM06)。MMRd肿瘤的髓样细胞具有较高的糖酵解基因(PM03)、免疫...
在单细胞测序中,涉及到的一项重要技术就是空间转录组。 空间转录组(spatial transcriptomics)是一种能够在组织切片上对转录本进行定位的技术。它可以揭示细胞在组织中的定位信息,从而帮助我们了解细胞在特定环境中的功能和相互作用。传统的测序方法只能提供整体组织中基因的平均表达信息,而空间转录组技术则可以让我们看到...
本研究从基因表达综合数据库（GSE149614、GSE151530和GSE156625）中获得单细胞RNA测序的公共数据集。通过整合分析52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据。并应用多种方法研究HCC肿瘤细胞的亚型，通过分析不同亚型肿瘤细胞的功能特征、临床意义和微环境关联，此外还分析了亚型与成纤维细胞的相互作用。研究结果 1、HC...
2024年2月7日,东南大学姚红红教授和南京航空航天大学姜伟教授共同通讯在 Science Translational Medicine(IF:17.1)在线发表研究论文,利用空间转录组和单细胞转录组测序技术高分辨率地对缺血性卒中模型小鼠大脑的基因表达和细胞互作特征进行了深入解析,并通过细胞外囊泡介导实验验证 LGALS9-CD44 通路在促进卒中后脑修复中的...
目前,单细胞测序已经广泛应用于人类疾病的早期诊断、疗效评估、药物筛选以及基因修饰等研究。例如,可以通过单细胞测序技术来检测癌细胞的来源、发生途径、转移病理等重要信息,从而实现了肿瘤精准治疗的目标。 二、空间转录组 空间转录组是指将体片(tissue)或器官(organ)分离成单元组织,对细胞的位置和互相关系进行建模和...
图3 细胞功能分析-GO与KEGG 转录因子分析 图4 转录因子分析 细胞通讯分析 图5 细胞通讯分析-细胞之间相互作用 图6 细胞通讯分析-细胞间受体与配体相互作用 拟时序分析 图7 拟时序分析-细胞分化和发育轨迹 单细胞测序与空间转录组 单细胞测序技术自2013年被Nature Methods评为年度技术以来,已经过去十年,单纯的单细胞...
方法：10× Genomics scRNA-seq(欧易生物单细胞转录组测序)、10×Genomics visium(欧易生物空间转录组测序)研究背景和研究目的 溶瘤病毒（Oncolytic virus, OV）是一类具有复制能力的肿瘤杀伤型病毒，能选择性感染肿瘤细胞，在肿瘤细胞内大量复制并最终摧毁肿瘤细胞，同时激发免疫反应，吸引更多的免疫细胞继续杀死残余的...
在肿瘤领域,单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学都具有重要的应用,为研究肿瘤的发生、发展和治疗提供了更深入的理解。综合使用这两项技术有助于深入理解肿瘤的分子特征、细胞亚群的动态变化、免疫反应以及药物在肿瘤组织中的作用。馆长在Nature Communications上发现一篇好文。首先文章的选题新颖,关注肢端黑色素瘤这...
单细胞蛋白质组测序是一种通过测定单个细胞的蛋白质来分析其蛋白质组的方法。该技术可以对细胞的蛋白质表达进行分析,从而揭示不同细胞类型之间的差异和相似性,并且可以研究细胞的发育和病理生理学。 二、空间转录组技术 空间转录组技术是一种通过对组织中的基因表达进行空间定位的方法。与单细胞测序技术不同,空间转录...