一、单细胞测序联合空间转录组测序一般流程 图片来自参考文献1 二、单细胞测序联合空间转录组整合方法 鉴于空间转录组学方法还不能在组织中产生深层单细胞分辨率的转录组图谱,能够成功整合单细胞和空间转录组数据的分析将有助于理解细胞类型分布的结构以及构成这种结构的细胞间通讯的假定机制。整合scRNA-seq和空间转录组数...
MIA)[1],基于marker基因打分的方法(可通过 seurat 包的 AddModuleScore 函数实现)[2],还有基于“锚点”的整合分析(Integrated)的方法[3],可以将单细胞转录组的细胞类型注释通过一个概率模型迁移到空间转录组的数据上。下面
图1.sci-Space在记录空间坐标的同时恢复单细胞转录组。来源:Science 研究人员利用sci-Space对两个第14天(E14.0)的小鼠胚胎(C57BL/6N)矢状切面进行了分析。在测序、质量筛选、将每个细胞分配到载玻片后,数据集共包含121909个空间解析的单细胞转录组。切片胚胎的图像和测序数据使用SYBR共同登记,细胞核在14个切片上很...
批量RNA-seq数据是通过对细胞混合物进行测序获得，而scRNA-seq则预先标记单个细胞，但是这两种方法具有相似的细胞类型和状态。因此，研究人员假设批量转录组学数据可以通过精心设计的反卷积算法分解为单细胞转录组学数据。随后，在第二步中，上述两种流行的空间分辨转录组学方法虽然未能实现单细胞分辨率或描绘整个转录组，...
单细胞测序网讯:来自哈佛大学怀斯研究所(Wyss)的研究人员提出了Light-Seq技术,这是一种在固定的细胞和组织中使用光导DNA条形码对完整的生物样本进行多重空间索引的方法,然后进行原位测序。这种方法能够在不破坏样本的情况下,对原位NGS所需区域的目标分子进行光导向的空间条形码。
此外,该技术空间分辨率由微孔道及微井阵列尺寸控制,可实现10微米分辨率的空间转录组测序。 通过Well-ST-seq-10 μm绘制小鼠海马的高空间分辨率图谱 为了验证Well-ST-seq在高分辨率空间转录组测序方面的灵活性,研究团队制作了10 μm分辨率的微通道和微孔阵列,并选择小鼠大脑的海马区域进行组织切片。Well-ST-10 μm和...
那么,如何玩转单细胞测序 + 空间转录组测序?从技术原理到实验步骤,从样本处理到数据分析,重磅干货已经帮你一网打尽。 重磅干货一:免费视频学堂——疑难杂症处理站 目标细胞占比低、组织样本有坏死、组织难消化、关注特定类型细胞群等单细胞测序样本如何制备?如何正确进行单细胞转录组数据分析?单细胞测序在脑神经等...
该方法利用光激活的亚甲基苯醌探针对特定位置的细胞进行荧光标记,随后将被标记的细胞进行分离和单细胞二代建库测序,在获得高质量单细胞测序数据的同时保留了细胞的空间位置信息。 (图片来源:Angew. Chem. Int. Ed.) 为了实现高空间分辨率的细胞标记,作者设计并合成了光激活探针ONPF,并基于其开发了光控细胞标记策略Op...
Bulk2Space算法分为反卷积和空间映射两个步骤。批量RNA-seq数据是通过对细胞混合物进行测序获得,而scRNA-seq则预先标记单个细胞,但是这两种方法具有相似的细胞类型和状态。因此,研究人员假设批量转录组学数据可以通过精心设计的反卷积算法分解为...
近年来,单细胞测序(scRNA-seq)和空间转录组测序(Spatially resolved transcriptomics)技术彻底变革了人们理解复杂组织的方式,不断推动生命健康研究进入单细胞和空间组学时代。然而,目前的单细胞测序及空间转录组技术不仅耗时费力,而且成本极为昂贵,严重限制了其推广应用。与此同时,传统混样测序(Bulk RNA-seq)一直是生物医...