对青春期不同阶段相关细胞组成的鉴定和不同细胞间独特的转录特征的表征，有利于特定神经元的分离和对其功能的进一步了解。因此这篇文章利用10× Genomics Visium平台，对雌性SD大鼠出生后25、35、45天的下丘脑进行空间转录组测序，构建弓状核（ARC）基因表达的动态空间图谱。通过比较不同的下丘脑细胞群，揭示了Kiss1+...
单细胞转录组技术可以同时测定单个细胞内数千个基因的表达水平,从而描述每个细胞的转录谱,为生物学研究提供单细胞的视野。 然而这两种技术也存在一些缺陷,例如Visium空间转录组的spots直径达到55 um,而细胞直径为10-20 um,所以Visium的spots是一个细胞的混合物,分辨率达不到单细胞的级别,相反的,单细胞技术虽然能达到...
总的来说,单细胞空间转录组分析就是使用带有空间Barcode的探针对切片进行测序,联合ScRNA-seq可以实现将高分辨率单细胞数据得到的细胞亚群映射到空间上来,进而推断不同亚群的功能、分化关系等。 单细胞空间转录组是继细胞通讯、CNV推断、轨迹分析外经常使用的单细胞下游分析...
通过空间转录组与单细胞转录组的关联,将单细胞数据贴回空间组织切片,这样就生成了空间单细胞分辨率的图谱,可以在空间组织做现有单细胞可以做的全部分析内容,发挥空间信息的优势和单细胞分辨率的优势,推进肿瘤微环境、分化发育、药物治疗、作物育种等基础生命科学研究更上一层楼。 如有空间转录组或单细胞转录组项目需求,...
产品升级丨10x Visium HD 空间转录组新鲜样本解决方案解锁升级! 开启空间新时代 | Visium HD单细胞分辨率空间转录组! Stereo-seq是基于DNA纳米球阵列芯片和原位捕获技术研发的空间转录组技术,其检测分辨率达500 nm,在众多商业化技术中较早实现单细胞分辨率的技术,目前累计发表86篇文章(数字统计来源官网,截止10月29日)...
单细胞和空间转录组技术结合被认为是了解人类疾病、监测分子信号和细胞间相互作用的空间异质性以及制定精确医学策略的重要工具,最适合回答三种生物问题:首先可以阐明组织的细胞类型组成;第二类问题与细胞相互作用有关;最后可以帮助阐明组织成分之间的分子相互作用。
cell2location是一种基于分层贝叶斯框架开发的,用于解析空间转录组数据中细粒度细胞类型,并创建不同组织的综合细胞图。 应用场景:1. Spatial location reconstruction for scRNA-seq data(scRNA-seq数据的空间位置重建);2. Spatial decomposition(空间分解)
CellChat V2现在支持从多个空间解析转录组学数据集中推断细胞间的通信。CellChat需要输入细胞(Spot)的的基因表达信息和空间位置数据,并通过整合基因表达与空间距离信息以及信号配体、受体及其辅因子之间相互作用的先验知识(CellChat的数据库DB,支持人、小鼠、斑马鱼),来建模细胞间通信的概率。
空间转录组 即(St RNA-seq)技术,是指在对细胞的基因表达进行定量测序的同时,提供细胞在组织空间的具体位置信息。与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织生理环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,进一步推进对正常和病理状态下的细胞特征的理解。
可以说,空间转录组绝对属于新的测序技术的新宠,2021年有160篇文章发表! 其中,Cell、Nature、Science也不乏空间转录组+单细胞的身影,54+Nature子刊,40+Cell,13+可复制生信高分模板…… 如果说单细胞的福利是在前两年,那么当下的福利就理所...