表1单细胞转录组学数据的关键分析任务和相关的计算机工具 2、空间转录组 细胞处于一个由细胞外分子、结构基质和邻近细胞组成的复杂微环境中,它们共同塑造细胞的表型和组织的功能特性。通过将单细胞生物学的范围从孤立的细胞扩展到多细胞群体,ST揭示了不同组织中细胞的组成和功能特征。 图4 空间生态型是由相互关联的细...
然而,scRNA-seq 可以使用临床环境中已有的更简单的检测方法(例如免疫组织化学、FISH、流式细胞术和多基因组panel测序)对转录本、细胞状态和蛋白质进行优先评估。 人工智能与单细胞转录组学的未来 单细胞和空间转录组学的未来方向 单细胞转录组学中深度学习的兴起得益于数据可用性的增加、新模型架构的开发以及使非专家...
而空间转录组学则是一种研究基因表达在组织和器官中空间分布的方法,它可以揭示组织和器官的功能和发育过程。本文将分别介绍单细胞和空间转录组学的原理、应用以及未来的发展方向。 一、单细胞转录组学 1. 原理 单细胞转录组学通过将单个细胞的mRNA转录本进行高通量测序,得到每个细胞的基因表达谱。这种方法可以揭示...
2. 空间转录组学揭示了异位病变的独特空间组织,存在两种不同的异位胚层细胞亚群,OSCb细胞围绕异位EnS细胞,表达与伤口愈合、成纤维细胞迁移和结缔组织发育相关的基因,可能导致纤维化;炎症细胞尤其是T细胞在EnS区域大量聚集,巨噬细胞偏向M2表型,促进组织修复、血管生成和免疫耐受,使异位组织逃避免疫清除,支持病变生长和存活。
Cancer-Finder算法不仅能够处理单细胞RNA测序数据,还能够扩展到空间转录组学数据的注释,这对于理解肿瘤微环境的复杂性具有重要意义。此外,Cancer-Finder的推断速度快,内存消耗低,使其在大规模数据分析中具有潜在的应用前景。尽管在血液肿瘤数据...
空间转录组学（ST）技术通过将成像与测量组织样本不同位置的基因表达水平的能力相结合，促进了原位细胞研究。尽管越来越多的ST技术不断涌现，例如，ST和Visium，仍然缺乏单细胞水平分析所需的分辨率。在此类技术中，每个测量点覆盖10-20个细胞的组织区域，具体取决于组织，这种分辨率对于代表性良好的大细胞来说可能足够...
Nature Communications（IF 16.6）｜单细胞和空间转录组学分析预 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是最常见的头颈部癌症，HPV(-) OSCC主要诱因是烟草和酒精，其侵袭和转移机制尚不清楚，预后效果差。2023年7月加拿大卡尔加里大学研究团队在Nature Communications（IF 16.6）发表题为“Spatial ...
研究团队开发了TSO-his(组织结构的转录组学分割)工具,用于整合单细胞和空间转录组学的多模态数据,并破译人类胸腺的复杂结构。研究描述了细胞类型和关键标志物的动态变化,确定了ELOVL4是皮质中CD4+ T细胞阳性选择的介质。利用TSO-his的映射功能,研究人员以单细胞分辨率重建了胸腺空间结构,并概括了经典细胞类型及其对...
主要技术:scRNA‐seq,空间转录组,免疫组化 导语 骨肉瘤 (OS) 是最常见的原发性恶性骨肿瘤,极易转移。OS 可通过淋巴管转移到淋巴结 (LN),肿瘤细胞的转移重建了 LN 的免疫景观,有利于肿瘤细胞的生长。然而,骨肉瘤 LN 转移和转移性淋巴结 (MLN) 微环境重塑的机制尚不清楚。从 18 个单细胞测序样本中,我们...
1. 整合scRNA-seq和空间转录组的流程 与任何空间转录组学方法相比,scRNA-seq通常能检测到每个细胞的独特基因数量明显增多,从而揭示出新的细胞亚型,以及每个亚群的转录组的更多细节。此外,许多scRNA-seq分析管道绘制了细胞分化的轨迹和基因调控网络。由于其深度和单细胞精度,scRNA-seq是目前定义特定组织中细胞亚群的最佳...