预测生物材料周围空间共定位细胞群之间的关键信号模式 基于单细胞空间转录组联合分析,预测ECM_LW和Ctrl_LW组之间的免疫细胞和皮肤细胞的细胞间通讯模式,与对照组相比,在ECM_LW组中,Treg1与HFSC的相互作用通过与Jag1-Notch1的结合更为显著,这表明Treg1在生物材料处理的创面中具有促进再生的作用,另外,细胞通讯分析还发...
空间转录组：子叶期大豆种子（n=3）单细胞核转录组、单细胞ATAC：大豆叶、下胚轴、根、根瘤、豆荚、5...
10、单细胞转录组和空间转录组联合分析 接下来,文章使用 SPOTlight 关联单细胞和空间数据集,以确定组织每个 spot 内每种细胞类型的百分比,并使用饼图进行可视化。结果表明,biofunctional-type_MSCs 亚群在胎儿端的比例高于母体端。此外,通过细胞类型之间的空间相互作用分析,探索两种不同细胞类型在同一 spot 出现的频率。...
研究使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)对15名间质性膀胱炎(IC)女性患者和9名压力性尿失禁对照者的135,091个CD45+免疫细胞进行了测序,在构建的图谱中发现了22个免疫亚群。通过整合scRNA-seq和空间转录组学(ST)的结果,我们发现在IC患者...
二个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥:毕业于中...
二个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥:毕业于中山大学,目前为上海交大外聘专家,与多位院士团队和国外top实验室合作,指导...
4. TME中细胞焦亡状态在体/单细胞和空间转录组水平上的异质性 通过评估焦亡与多种免疫反应途径和免疫细胞在6个独立的黑色素瘤数据集及4种可以作为许多癌症类型的通用免疫治疗生物标志物TME亚型(图6A)中的相关性,结果显示,GSE115878数据集中多种细胞发生焦亡,PScore差异显著(图6B-C),在GSE72056数据集中观察到一致...
空间转录组学和scRNA分析揭示了NME1在结直肠癌中的作用 上文提到NME1是肿瘤上皮细胞中最显著的核苷酸代谢相关基因。因此,作者将单细胞数据中的肿瘤上皮细胞分为NME1阳性(NME1+ Epi)和NME1阴性(NME1- Epi)细胞群,以进一步探索核苷酸代谢的关键机制(图6A)。作者的研究表明,肿瘤细胞的空间核苷酸代谢与NME1相关(图...
1.单细胞在CNS文章思路解析及常见图形解读 2.数据质控、数据放缩、PCA降维、聚类 3.三维tSNE、UMAP可视化【Science】 4.单细胞多组学分析思路和方法【Nature】 第九节 :单细胞转录组拟时序分析 1.monocle拟时序分析【Nature】 2.细胞排...
两个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥:...