写在前面:作物前言分子生物学的开山之作,这篇文章聚焦单细胞(细胞核)转录组学分析。单细胞技术作为当下最火的技术之一,已经广泛应用到多个领域。 但大约两三年前,我刚接触单细胞测序时,却遇到不少阻碍。首…
单细胞测序技术(single cell sequencing),简单来说,就是在单个细胞水平上,对基因组、转录组及表观基因组进行测序分析的技术(图1)。 图1.单细胞测序技术 ◆ 为什么做单细胞转录组测序? ◆ 普通转录组(bulk RNA-seq)是生物组织样品中在某个时间对应的所有mRNA转录情况,可以作为组织或者样品某个时刻状态的重要...
肝星状细胞(HSCs)的纤维化激活导致一个由胆汁酸受体NR1H4/FXR和HSC特异性GS蛋白偶联受体(GSPCRs)组成的信号模块的恶化,该模块能够维持星状细胞的静止状态。伴随HSC激活,可以进一步观察到HSC Gdf2表达的减弱,以及一个可能来源于进入的单核细胞和库普弗细胞的CD207阳性巨噬细胞群体的MASH相关扩展。由此可以得出结论,健...
图 植物单细胞（核）转录组分析内容1、细胞质量评估与过滤单细胞转录组测序理论上的反应体系是一个细胞与一个带有Barcode信息的磁珠结合，形成单个细胞的“油包水”结构。但在实际情况中，会产生一定比例的油包水结构中没有细胞或含有2个及以上细胞的情况。另外细胞死亡或细胞膜破碎时，线粒体基因的比例会上升。因此...
与反映群体细胞或整体组织基因表达情况的普通转录组测序(Bulk RNA-seq)不同,单细胞(核)转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq;single-nucleus RNA-seq,snRNA-seq)是针对单个细胞(核)内的转录本进行扩增和高通量测序的一项新技术。单细胞(核)转录组测序可有效避免单个细胞的异质性被大量细胞的均质化所掩盖,在...
与反映群体细胞或整体组织基因表达情况的普通转录组测序(Bulk RNA-seq)不同,单细胞(核)转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq;single-nucleus RNA-seq,snRNA-seq)是针对单个细胞(核)内的转录本进行扩增和高通量测序的一项新技术。单细胞(核)转录组测序可有效避免单个细胞的异质性被大量细胞的均质化所掩盖,在...
图1. 近十年单细胞测序爆发式的发展 技术原理 scRNA-seq的主要流程可以分为以下几个步骤：制备单细胞悬液：从样本组织中提取并且制备单细胞悬液。分离、捕获单细胞：常见的单细胞分离捕获技术包括荧光激活细胞分选 (FACS)、磁激活细胞分选、微流体系统和激光显微切割。提取RNA：使用特定的试剂盒或技术将单个细胞中的...
普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合,得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA,并进行建库与测序,以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性,且组织或器官内含有多种不同类型的细胞,采用普通转录组方法进行测序时,这些...
首先是河南大学孙旭武教授课题组在 Molecular Plant 杂志发表的一篇研究拟南芥气孔谱系细胞发育进程的文章。Molecular Plant ( IF 21.949 ) ；Pub Date : 2020-06-24；材料：5 日龄拟南芥幼苗子叶中分离的原生质体；技术： 10×Genomics scRNA-seq、单细胞转录组测序 这篇文章思路首先是一个常规的细胞类型的鉴定，...