单细胞转录组和空间转录组技术正在彻底改变对复杂组织中细胞状态的起源、调控和维持的理解。通过精妙的实验设计和计算分析方法的使用,研究人员可以利用scRNA-seq和ST的数据潜力,揭示关键的细胞状态和多细胞群落。 在这篇综述中,讨论了在识别和表征细胞状态和多细胞邻域方面的最新进展、持续的挑战和前景;讨论了样本处理、数据
【导读】空间转录组学绘制组织切片中的基因表达图谱，揭示其自然背景下的细胞组织。然而，许多技术缺乏单细胞分辨率，无法从混合细胞群中捕获集体基因表达。团队开发了scResolve，这是一种以多细胞分辨率，从空间转录组学数据中恢复单个细胞在其位置的表达谱的方法。2024年9月25日，美国卡内基梅隆大学计算机科学学院Jose L...
单细胞空间转录组学:解码生命空间的基因密码 传统单细胞测序技术虽能揭示细胞异质性,却丢失了基因表达的空间位置信息。单细胞空间转录组学(Single-Cell Spatial Transcriptomics)的诞生填补了这一空白,它通过整合单细胞分辨率与空间坐标信息,为解析组织微环境、疾病机制及发育过程提供了全新...
而空间转录组学则是一种研究基因表达在组织和器官中空间分布的方法,它可以揭示组织和器官的功能和发育过程。本文将分别介绍单细胞和空间转录组学的原理、应用以及未来的发展方向。 一、单细胞转录组学 1. 原理 单细胞转录组学通过将单个细胞的mRNA转录本进行高通量测序,得到每个细胞的基因表达谱。这种方法可以揭示...
该文章使用单细胞和空间转录组学研究了小鼠感染模型中皮肤的局部免疫反应。基于结果，提出，皮下脂肪细胞和Vγ6+细胞协同作用，以限制皮肤炎症和驱动皮下脂肪消耗。这些研究为γδ T细胞和皮下脂肪细胞在慢性感染过程中作为皮肤免疫的稳态调节因子发挥作用提供了新的见解。 技术方法单细胞转录组、空间转录组 主要结果...
单细胞空间转录组学的第一步是获取高质量的组织样本,并通过特定的方法(如切片、激光捕获显微切割等)将样本处理成适合单细胞分析的形态。随后,利用高通量测序技术中的条形码标记策略,对每个细胞进行唯一标识,以便后续的数据追踪和分析。 2.2空间信息保留与转录组测序 为了同时获取空间位置和基因表达信息,研究人员开发了多...
2、本研究结合空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序(scRNA-seq),使用数据挖掘和生物信息学工具,如UMAP、Cell2Location和Misty算法,为揭示肿瘤内部结构和细胞间通信提供了新的视角。ps:小云这里有各种最新的生信分析思路,想复现的小伙伴可以扫码联系小云,竭诚为您服务～...
Nature Communications（IF 16.6）｜单细胞和空间转录组学分析预 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是最常见的头颈部癌症，HPV(-) OSCC主要诱因是烟草和酒精，其侵袭和转移机制尚不清楚，预后效果差。2023年7月加拿大卡尔加里大学研究团队在Nature Communications（IF 16.6）发表题为“Spatial ...
空间转录组学是一项新兴技术,它允许在植物系统中对基因表达数据进行空间解析。 将植物中的空间转录组学提升到单细胞分辨率平台需要克服湿实验室技术和计算分析中的几个障碍。 对植物空间转录组学方法进行改进将有助于实现植物系统在单细胞分辨率下具有完整、空间分辨率基因表达的最终目标。
空间转录组学:探讨了空间转录组学如何将单细胞置于多细胞邻域中,并识别空间上重现的表型,即生态型(ecotypes)。 临床转化:讨论了单细胞和空间转录组学在临床研究中的应用,包括干细胞生物学、免疫学和肿瘤生物学。 人工智能和单细胞转录组学的未来:讨论了深度学习等人工智能技术在分析单细胞和空间转录组学数据中的应用...