2、空间转录组测序 确定组织优化条件后,即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。 图3 空间转录组测序流程展示 文库构建所需的空间基因表达芯片包含4个捕获区域,每个区域含有5000个spots,每个spot均含唯一的spatial barcode和上百万个核苷酸引物。对切片进行透化后,细胞释放的mRNA可与带有barcod...
涉及的欧易生物服务产品:转录组测序 双重敏感抗菌肽纳米粒子预防龋齿 Dual-sensitive antibacterial peptide nanoparticles prevent dental caries 发表期刊:Theranostics 影响因子:11.600 作者单位:湖南师范大学 涉及的欧易生物服务产品:微生物多样性测序、转录组测序 过量锂对大口黑鲈的毒理学影响:体重、肝脏脂质累积...
结合单细胞转录组测序技术,作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息,使用原位测序(In situ sequencing,ISS)来验证上述的结果,并为这三个发育阶段创建一个空间亚细胞图谱,为未来人类心脏发育的研究提供重要的借鉴意义。 研究路线 作者选取3个发育阶段(4.5–5,6.5和9 post-conception weeks(PCW))的人类胚胎...
我们都知道单细胞测序是大腿。但是它其缺憾,那就是无法检测到空间信息,因为单细胞测序技术在将实体组织解离成单个细胞的过程中,不可避免地丢失了空间信息。空间转录组则可以提供空间位置信息,完美补偿这一点。 这俩加起来有多牛呢? 可以说,空间转录组绝对属于新的测序技术的新宠,2021年有160篇文章发表! 其中,Cell...
1735 -- 21:23 App 单细胞测序—聚类分析的全过程 473 -- 33:47 App 单细胞空间转录组测序技术应用与数据库介绍 415 -- 32:28 App 单细胞空间转录组R语言的入门 395 -- 23:45 App 单细胞空间转录组RStudio的安装以及转录组的代码运行 2015 -- 35:00 App 用autodock vina进行多肽多糖多酚-蛋白...
单细胞测序和空间转录组等新技术的出现,为深入认识膀胱癌的疾病机制提供了新的可能和突破。为了研究膀胱癌的肿瘤微环境,对6例膀胱癌组织(原发和复发组各3例)进行配对的单细胞RNA和空间转录组测序。通过数据联合分析,发现复发性肿瘤较原发...
接下来研究人员利用DSP技术,研究肿瘤细胞状态与肿瘤免疫微环境之间的关系。首先利用CD45和PanCK 对肿瘤组织进行形态学标记,选择了306个不同的区域进行肿瘤原位空间转录组分析。结果发现肿瘤细胞核心致癌程序的表达与免疫细胞浸润呈现负相关,即核心致癌程序表达越高,周围的免疫细胞浸润越低。 图4. SyS中有限的免疫浸润和...
空间转录组学是一种利用空间条形码poly T捕获探针的技术,可以对完整的组织切片进行RNA测序,同时保留组织学信息。这种方法最近被广泛用于揭示肿瘤和中枢神经系统的细胞异质性和空间排列。本研究,作者使用10x Genomics Visium平台进行空间转录组学检测,并将其与单细胞RNA测序数据以及邻域和图像分析相结合,提供了人类皮下腹腔...
在未来,单细胞测序联合空间转录组测序会是全面解析样本中细胞类型和空间位置信息的新方法,也是突破已知,探索未知的新技术领域。 参考文献 【1】Moncada, R., Barkley, D., Wagner, F. et al. Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic...
既往研究大多依赖bulk组织分析和细胞模型,缺乏肿瘤系统的空间生态信息。MIT和哈佛大学Broad研究所的知名生物信息专家Aviv Regev团队利用单细胞RNA测序 (scRNA-seq)、NanoString的GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP)以及遗传和药理学干扰技术对SyS的免疫微环境和空间生态系统进行研究,揭示了免疫逃逸和致癌过程之间的...