全长转录组(Full-length transcriptome)测序和分析是基于PacBio和Oxford Nanopore三代测序平台,利用其长读长的特性,建库测序时无需对RNA进行打断,如直接获得包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息,从而准确分析有参考基因组物种的可变剪接及融合基因等结构信息,克服无参考基因组物种转录本拼接组装较...
pbmm2回贴转录本,map reads using pbmm2 代码语言:bash 复制 # 建立参考基因组文件夹,并将参考基因组和注释文件放入其中$mkdirhuman_ref#参考序列建立索引$ pbmm2 index GRCh38.fa GRCh38.mmi# 单个样本数据示例$ pbmm2 align--presetISOSEQ--sort<ref.fa><mapped.bam>#使用说明$ pbmm2 align--presetISOSEQ...
单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计20条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等
1、为了克服现有技术的不足,本技术实施例的目的在于提供一种基于单细胞全转录组测序数据的分析方法、系统、装置,通过lncrna分析和circrna分析,进行单细胞全转录组基因表达定量,最后进行亚群上调表达基因分析,解决现有技术中对单细胞全转录组测序数据,即scfast-seq数据分析不够全面具体和涉及范围不够广泛的问题。 2、为...
步骤九,可变多聚腺苷酸化分析步骤: 使用tapis进行可变多聚腺苷酸化分析。 2.如权利要求1所述的一种适用于sequel测序平台的三代全长转录组分析方法,其特征在于,所述步骤三的比较为根据转录本与参考基因注释的重叠、链方向是否一致、剪切模式是否相同及是否覆盖多个基因区域,将合并后的转录本分成fsm、ism、nic、nnc、...
如cn112086128a公开了一种适用于sequel测序的三代全长转录组测序结果分析方法,包括如下步骤:步骤一,使用pacbio官方的isoseq3流程对原始数据进行处理;使用lima程序对一致性序列进行接头识别,使用isoseq3 refine程序对全长序列进行嵌合去除和polya识别,使用isoseq3 cluster对全长非嵌合序列进行聚类;步骤二,使用minimap2和...
生物信息学分析:蛋白质组学生物信息学分析、代谢组学生物信息学分析。 特色项目 一、蛋白测序 蛋白测序服务两种主要分析方法 蛋白测序服务两种主要分析方法:Edman降解(Harvey和Ferrier,2011;Bauer等,1997)和质谱分析(MS)(Sahukar等,2016)。蛋白质测序和鉴定常用质谱法,Edman降解法是表征蛋白质N端重要的方法之一。
首先外包实验是很正常的,和学术不端不同,毕竟自己很多实验无法完成。比如"二代测序、转录组、蛋白质组学或者单细胞测序"之类等等很多的,基本上流程就是把样品准备好送到实验室去做,直接实验室承接,然后把数据和分析等一起返回提交给你还有一类就是自己可以做,但是时间或者各方面成本上交给实验室做更便宜更快。比如...
一、PacBio Iso-Seq 的实验流程 通过PacBio SMRTbell prep kit 3.0构建Iso-Seq测序文库,适用于 PacBio Sequel II 和 Revio 仪器型号 (图2)。 图2. Iso-Seq的建库实验流程 (1)通过带有Oligo-dT的引物富集含有polyA尾的mRNA。 (2)使用 Iso-Seq RT enzyme对mRNA进行反转录。