转录组是指一个细胞、组织或生物体在特定条件或状态下转录的所有RNA集合。RNA-Seq利用新一代测序技术，通过测序细胞或组织中的所有RNA，分析其种类和丰度，从而获得基因表达的全景图。转录组测序的主要步骤包括：RNA提取、构建文库、测序和数据分析。二、转录组测序的主要步骤 RNA提取：从样本（如细胞、组织、血液等）...
利用featuresCounts软件,对reads进行精确的计数,最后将所有样本的reads数合并为一个文件,将RNA-Seq_Practice_countstable文件导出,根据FPKM和TPM的计算公式定量 每个基因在每个样本中的表达量。利用网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene)将基因ID转化为Gene description,从而了解其功能和相关信息。 time featureCounts...
这种方法的一个问题是,内部poly(A)引物可以产生高频率的截断cDNA。其他方法,如3P-Seq和3 ' reads,使用基于RNA的连接来捕获3 '端片段。虽然这些方法成功地解决了内部引物问题,但RNA连接酶的序列偏好可能会带来偏差。同样值得注意的是可以同时检查3 '端区域和poly(A)尾巴长度的方法。
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.0万 转录组测序 1/1 创建者:非主流音痴 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 10.8万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 ...
转录组测序是一个广泛的术语,包含了多种不同类型的RNA分子的测序,而RNA-seq更专注于分析mRNA。这两种技术都可以用来研究基因表达,但是转录组测序可以提供更全面的RNA样本分析,包括非编码RNA,而RNA-seq主要是研究编码蛋白的mRNA。
新一代转录组测序 RNA-Seq (RNA-sequencing) RNA-Seq也称为转录组测序，是最新发展起来的利用新一代测序技术进行转录组分析的技术，可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA，基因选择性剪接产生的不同转录本的表达丰度等。在分析转录...
三代全长转录组测序与RNA-seq是两种常用的转录组测序技术,它们在测序原理、应用范围和数据分析等方面存在一些区别。下面我将详细解答你的问题,并逐步解释这两种技术的区别。 1.测序原理: 三代全长转录组测序:三代测序技术主要包括PacBio SMRT(Single Molecule Real-Time)和Oxford Nanopore等。这些技术通过直接测序RNA...
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注5.3万 生信分析 1/1 创建者:大仁学长 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 8.9万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 4、...
1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma。从TCGA数据库下载肺癌的RNA-seq数据和临床病理学特征。此外,GSE68465从GEO数据库下载。...